[发明专利]一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法

权利要求书

1.一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法，其特征在于，包括以下步骤:

步骤1、选取母本、父本的F₂单株多个，构建耐淹和不耐淹基因池，结合两亲本进行BSA测序，针对双亲SNP进行过滤，分析统计双亲差异SNP，分别检测耐淹池与不耐淹池的SNP分布，采用差减法进行全基因组滑窗分析，找到1个连锁区间，并选定范围作为候选区段；

步骤2、对候选区段进行效应验证：针对候选区段设计了多对SSR标记，利用初定位两端的标记对以多个BC₂F₂单株的基因型和表型进行考察，对随机群体母本基因型材料和父本基因型材料的低氧胚芽鞘长度进行统计学分析，确定该候选区段是否能够与萌发耐淹性状连锁，若连锁则进行下一步，否则重复第一步选取新的候选区段；

步骤3、对区间进行进一步筛选，利用侧翼标记对多个BC₂F₂群体的极端材料进行重组单株的筛选，共筛选到15种类型的重组子，利用区间内开发的多态性分子标记对重组单株进行基因型分析，精细定位目标基因；

步骤4、获得与水稻萌发耐淹性主效QTL紧密连锁的分子标记。

2.根据权利要求1所述的一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法，其特征在于，所述步骤1中，利用1086个F₂单株，构建耐淹和不耐淹基因池，结合母本852、父本IR42进行BSA测序，以日本晴作为参考基因组。

3.根据权利要求1所述的一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法，其特征在于，所述步骤1中，所述水稻萌发耐淹性主效QTL的物理位置在13.95-17.34Mb范围内，为新的萌发耐淹性主效QTL。

4.根据权利要求1所述的一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法，其特征在于，所述步骤2中，针对定位区间设计了177对SSR标记，利用初定位两端的标记对186个BC₂F₂单株的基因型和表型进行了连锁分析。

5.根据权利要求1所述的一种水稻萌发耐淹性主效QTL及分子标记的选取方法，其特征在于，在步骤1之前还包括筛选双亲萌发耐淹性差异步骤，选取父本、母本及F₁代进行淹水7d与不淹水7d发芽实验，以胚芽鞘生长的长度作为芽期耐淹性指标，阐明水稻萌发耐淹性为多基因控制的复杂数量性状并进行下一步骤。