[发明专利]与猪生长育肥性状关联的遗传标记及应用

说明书

本发明属于猪的遗传标记筛选和应用领域，具体涉及与猪生长育肥性状关联的遗传标记及应用，所述猪生长育肥性状为达100kg体重日龄和眼肌面积，所述猪的品种为美系大白猪，所述遗传标记从猪SYISL基因中筛选得到，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1和图1所示。上述序列第123位和第126位碱基存在两个等位基因替换，即G/A和T/C替换，所述替换导致SYISL基因产生多态性。本发明为猪的标记辅助选择提供了新的标记资源。

技术领域

本发明属于猪的分子标记筛选及应用技术领域，具体涉及一种与猪生长育肥性状关联的遗传标记。所述的遗传标记分离自SYISL基因片段，本发明还包括所述的遗传标记在猪辅助选择关联分析中的应用。

背景技术

遗传标记经历了从传统的标记即形态学标记、细胞学标记、生物化学标记到现代分子标记的发展，分子标记具有很多优势，也促进了动植物育种的改革。分子标记作为一种遗传标记，以个体间核苷酸序列的变异为基础，能够直接反映出DNA水平的遗传多态性，反映生物个体或种群间基因组中的差异。利用与数量性状相关的分子标记，以标记信息为辅助信息，可以从分子水平准确快速地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的选择，此外，能够充分利用遗传标记、系谱和表型信息，与常规育种方法相比，信息量更丰富、选择准确性更高^[1]。

目前所发现的分子标记一共包括四类特征序列：VNTR、STR、SNP、CNV。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A、T、C或G)的突变而引起的多态性，形式包括单碱基的插入、缺失、转换和颠换等，是继限制性片段长度多态性和微卫星标记之后的第三代遗传标记。因其遗传稳定性高、位点丰富且分布广泛及检测快速易实现自动化分析等显著特点，而得到众多研究和应用。测序法是SNP的经典检测方法，是最直接、最准确的方法，该方法对于发现未知的SNP十分有效，检出率可达到100％，还可区分SNP的突变碱基类型和突变位置^[2]。

本实验室前期发现一个随着小鼠C2C12成肌细胞的分化，表达水平持续升高的一个lncRNA SYISL(SYNPO2 intron sense-overlapping lncRNA)。前期研究发现SYISL可以招募PRC2蛋白至细胞周期素依赖性激酶抑制因子p21基因启动子上，从而促进细胞增殖，也可招募至成肌分化相关基因MyoG、MCK、myh4等基因启动子区域，抑制肌细胞的分化^[3]。且通过保守性分析发现，猪基因组SYNPO2基因内含子处也存在一个全长1472bp的lncRNAAK238214，该lncRNA在猪骨骼肌中也呈现出高表达状态，在猪活体水平上验证了该lncRNA在骨骼肌细胞的增殖分化过程中发挥重要作用。

发明内容

本发明的目的是筛选与猪生长育肥性状关联的遗传标记。通过克隆大白猪SYISL基因外显子序列，运用直接测序法寻找SNP位点并进行基因分型，分析该突变位点与大白猪生长育肥性状的关联性。从而为猪的生长育肥性状建立新的标记辅助选择位点。

本发明通过以下技术方案实现：

本发明获得了大白猪SYISL基因外显子片段，片段长度为1440bp，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1所述，通过在NCBI网站对上述序列进行blast比对，在该扩增片段内发现有2处核苷酸多态性(即SNP)位点，该SNP位点如图2所示。在SEQ ID NO：1所述所述序列的第123位碱基和126位碱基处，分别发生一个等位基因突变，申请人将该突变的位点分别命名为c.123GA和c.126TC。

本发明以美系大白猪为试验材料，从猪血液中提取全基因组DNA，根据NCBI数据库公布的猪SYISL基因序列设计引物对，该引物对的序列如下所示：

正向引物F：5'-GTGTTTAAACATCCAGAGAAT-3'，

反向引物R：5'-GGAGTATAGCAGATTCCCTT-3'。