[发明专利]用于制备核酸的等温方法及相关组合物

权利要求书

1.制备用于分析的核酸的方法，所述方法包括：

a)破坏核酸以产生包含DNA模板序列的核酸片段，其中所述DNA模板序列包含靶区域和邻接区域；

b)将寡核苷酸接头连接至所述核酸片段以产生包含所述DNA模板序列的核酸模板，其中所述寡核苷酸接头包含RNA聚合酶启动子序列和共同序列；

c)在RNA聚合酶、逆转录酶、DNA聚合酶和具有RNA酶H活性的酶的存在下，对所述核酸模板进行等温扩增反应，所述等温扩增反应包括以下的两个或多个循环：(i)RNA聚合酶转录，(ii)cDNA合成，以及(iii)DNA聚合酶延伸，从而对所述DNA模板序列进行指数扩增，其中每个循环包括：

对包含靶特异性杂交序列的第一寡核苷酸进行的延伸；以及

对包含与所述共同序列互补之序列的第二寡核苷酸进行的延伸。

2.权利要求1所述的方法，其还包括对来自(c)的经指数扩增产物的核酸分子或其一部分进行测序。

3.权利要求2所述的方法，其中所述核酸分子含有非模板序列，所述非模板序列充当引发测序反应之测序引物的杂交位点。

4.权利要求2或3所述的方法，其中在多重反应中对所述核酸分子进行测序，所述多重反应包括源自不同来源的不同核酸分子。

5.权利要求4所述的方法，其中所述不同来源为从其中获得所述核酸分子的不同对象。

6.权利要求4所述的方法，其中所述不同来源为从其中获得所述核酸分子的不同组织。

7.权利要求4至6中任一项所述的方法，其中所述不同核酸分子包含标识来源的条形码序列。

8.权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述核酸片段是包含基因重排部分的染色体区段。

9.权利要求8所述的方法，其中所述基因重排是倒位、缺失或易位。

10.权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述靶区域在所述邻接区域的5’处。

11.权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述靶区域在所述邻接区域的3’处。

12.权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述靶特异性杂交序列与所述靶区域或其一部分互补。

13.权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述靶区域包含第一基因的序列，并且所述邻接区域包含第二基因的序列。

14.权利要求13所述的方法，其中所述第一基因是RET、ROS1或ALK。

15.权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述核酸模板是双链DNA模板。

16.权利要求15所述的方法，其中通过RNA聚合酶酶促产生合成RNA，所述RNA聚合酶转录所述RNA聚合酶启动子序列下游的DNA。

17.权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸或第二寡核苷酸包含另外的非互补序列。

18.权利要求17所述的方法，其中所述另外的非互补序列包含条形码序列、索引序列、接头序列或测序引物杂交序列中的至少一种。

19.权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸或第二寡核苷酸包含所述RNA聚合酶启动子序列。

20.权利要求1至19中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸或第二寡核苷酸的延伸为反转录。