[发明专利]基于肿瘤浸润性免疫细胞筛选肺腺癌的潜在预后生物标志物的方法

权利要求书

1.一种基于肿瘤浸润性免疫细胞筛选肺腺癌的潜在预后生物标志物的方法，其特征在于，包括下述步骤：

S1：获得正常人与肺腺癌患者肺部细胞的转录本数据，对所述转录本数据进行数据处理，筛选出差异表达基因；

S2：使用EPIC计算肺腺癌组织中免疫细胞浸润的丰度，得到预后相关免疫细胞类型；根据所述预后相关免疫细胞类型，从步骤S1得到的差异表达基因中，筛选出与预后相关免疫细胞类型相关的差异基因；

S3：使用WGCNA对步骤S2得到的与预后相关免疫细胞类型相关的差异基因进行聚类分析，将其分为若干个聚类模块；

S4：对包含基因最多且聚类效果最好的聚类模块进行蛋白质互作分析，比较蛋白质之间的相互作用的强度，筛选3-6个肺腺癌候选基因；

S5：对步骤S4得到的肺腺癌候选基因进行生存分析，得到肺腺癌潜在预后生物标志物。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤S1中，获得正常人与肺腺癌患者肺部细胞转录本数据的方法包括：从TCGA数据库中下载。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤S1中，对转录本数据进行数据处理包括：

(1)数据过滤，去除数值为0的转录本数据；

(2)使用RESM对过滤后的转录本数据进行定量处理；

(3)分离mRNA矩阵；

(4)基因表达差异分析。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述基因表达差异分析通过edgeR实现，差异表达基因的筛选标准为|log₂fold change|＞1且P_adjust＜0.05。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述差异表达基因是指：与肺腺癌患者相比，正常人肺部细胞中上调表达的基因。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤S4中，肺腺癌候选基因为5个。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：验证步骤，所述验证步骤是指：将步骤S5筛选得到的肺腺癌潜在预后生物标志物在GEPIA数据库中进行验证。

8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述肺腺癌潜在预后生物标志物为GNG7和ADRB2。