[发明专利]玉米耐盐性相关的ZmNF-YA8基因SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了一种玉米耐盐性相关的ZmNF‑YA8基因SNP标记及其应用。所述SNP位点位于ZmNF‑YA8基因的3’UTR下游5183bp处，存在两种等位变异：CC和TT基因型；与CC基因型相比，含有TT基因型的玉米自交系苗期耐盐性显著增强。通过选择该标记位点的有利等位变异选择耐盐性高的玉米材料，可缩短耐盐玉米材料的培育年限。

技术领域

本发明属于生物育种技术领域，具体涉及玉米耐盐性相关的ZmNF-YA8基因SNP标记及其应用。

背景技术

土壤盐碱化趋势在世界范围内不断扩展，严重限制了农作物的生长，已经成为制约农业生产的重要因素。耕地盐碱化程度的逐年加剧严重影响了玉米的产量和品质，为提高在盐碱化土地上玉米的生物产量，进行玉米的耐盐育种十分必要。

研究和生产实践表明，玉米耐盐性状是一个复杂的数量性状，不同玉米自交系间耐盐性存在显著的基因型差异。玉米中响应盐胁迫机理复杂，对育种实践具有较高利用价值的关键基因挖掘工作仍然很有限。

全基因组关联分析是一种基于连锁不平衡鉴定自然群体中表型性状与遗传标记之间关系的分析方法，是挖掘优良等位基因的有效途径。随着玉米全基因组数据和转录组数据的公布，以及芯片技术的发展，许多SNP分子标记应运而生，关联分析也已经广泛应用于解析玉米复杂性状的遗传基础。与传统的连锁分析相比，关联分析可以利用自然群体结合基因型和表型快速定位性状的遗传位点，具有高分辨率、检测变异数目多等优点。通过在全基因组水平上挖掘玉米抗盐相关基因、开发功能标记等可以加快玉米植株耐盐品种的创制。

发明内容

本发明的目的在于提供一种玉米耐盐性相关的ZmNF-YA8基因SNP标记及其应用。

本发明在明确了玉米ZmNF-YA8基因对可以提高玉米耐盐性的基础上，对216份玉米关联群体的自交系进行苗期耐盐性鉴定，并运用ZmNF-YA8基因上下游约10k的区间在自然关联群体自交系中存在的SNP位点，与苗期高盐胁迫存活率进行候选基因关联分析，挖掘出ZmNF-YA8基因下游上一个SNP位点与耐盐性性状显著相关。

一种玉米耐盐性相关的ZmNF-YA8基因SNP标记，所述SNP位点位于ZmNF-YA8基因的3’UTR区下游，有一个位点，存在两种等位变异：CC和TT基因型。

与CC基因型相比，含有TT基因型的玉米自交系苗期耐盐性显著增强。

所述玉米耐盐性相关的ZmNF-YA8基因SNP标记在筛选耐盐玉米中的应用。

一种用于鉴定耐盐玉米ZmNF-YA8基因SNP标记的引物，所述引物的上下游引物核酸序列如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。

一种含有所述引物用于检测耐盐玉米的试剂盒。

一种耐盐玉米的检测方法，对待检测样品的基因组检测所述的SNP标记，若检测为TT基因型，则所述样品为耐盐玉米。

所述待检测样品包括适宜于有性繁殖、无性繁殖或可再生的细胞的组织培养的材料。

所述适宜于有性繁殖的材料，如选自花粉、子房、胚珠等。

所述适宜于无性繁殖的材料如可以选自根、茎、原生质体等。

所述适宜于可再生的细胞的组织培养的材料如可以选自叶、花粉、胚、子叶、下胚轴、幼胚、分生组织细胞、根、根端、花药、花、种子和茎等。

进一步地，所述检测可以包括测序、PCR、杂交等。

本发明还提供了一种耐盐玉米育种方法，挑选出上述的所述SNP标记为TT基因型的玉米进行杂交繁殖。

利用本发明的SNP标记进行耐盐玉米辅助育种，能够早期筛选目标玉米，具有节省时间、成本低廉等优点。