[发明专利]一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法

权利要求书

1.一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法，其特征在于包含如下步骤：

（1）提取待测样本总RNA，进行高通量circRNA测序，得到circRNA染色体位置信息；基于circRNA染色体位置信息，将所有circRNA染色体位置信息整理为后缀名为.bed的bed文件，命名为circRNA_location.bed；

（2）基于步骤（1）得到的circRNA_location.bed文件，通过软件python运行location_change.py文件，得到名为circRNA_flank_location.bed的文件；该bed文件内包含基于上述circRNA染色体位置信息所获得的circRNA同方向起始位置前100个碱基的染色体位置信息，即RBP可能结合的位点，该位置信息用于后续的分析；

（3）从NCBI或Ensembl下载步骤（1）中待测样本对应物种的参考基因组核苷酸序列文件，基于步骤（2）得到的circRNA同方向起始位置前100个碱基的位置信息文件 circRNA_flank_location.bed，在Linux系统上利用生物信息学软件bedtools获得circRNA同方向前侧位置序列，进而得到名为circRNA_flank_sequence.fa的序列信息文件；

（4）基于步骤（3）得到的circRNA同方向前侧位置序列文件circRNA_flank_sequence.fa，使用生物信息学软件dreme，得到circRNA同方向前侧位置序列的motif；

（5）从已知数据库中下载已知蛋白质的motif的meme格式文件，然后，采用生物信息学软件tomtom，将其与步骤（4）得到的circRNA同方向前侧位置序列的motif进行比对、匹配，进而得到circRNA的RNA结合蛋白。

2.根据权利要求1所述的基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法，其特征在于：

步骤（1）中所述的待测样本为组织、细胞或血液样本。

3.根据权利要求1所述的基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法，其特征在于：

步骤（1）中所述的提取待测样本总RNA包括：使用TRIzol试剂或RNA提取试剂盒提取总RNA。

4.根据权利要求1所述的基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法，其特征在于：

步骤（1）中所述的bed文件包含以下信息：

chrom、start、end、name、score、strand，其中，chrom代表circRNA所属染色体，start代表circRNA起始位置坐标，end代表circRNA终止位置坐标，name代表circRNA测序获得ID，score默认为0，strand代表circRNA在染色体上的方向，其中，+代表正链，-代表反链。

5.根据权利要求1所述的基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法，其特征在于：

步骤（4）中所述的生物信息学软件dreme运行后，会得到一个文件夹，文件夹中包括一个网页文件；该软件对获得的motif进行可靠性的评定，根据p-value或e-value进行筛选得到需要的motif。

6.根据权利要求1所述的基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法，其特征在于：

步骤（5）中所述的数据库包括：TRANSFAC数据库或JASPAR数据库。