[发明专利]基于二代测序技术的胰腺癌检测panel、试剂盒及其应用

说明书

本发明属于胰腺癌多基因检测的技术领域，公开了一种基于二代测序技术的胰腺癌检测panel，与胰腺癌有明确临床相关性的基因突变、拷贝数变异等事件，并将该多基因筛选列表做成探针，通过DNA测序针对性地检测高危基因，可以更高效地检测出对诊断、治疗有指导意义的基因突变，有针对性地检测突变基因，也可以降低患者基因检测的成本。

技术领域

本发明属于胰腺癌多基因检测技术领域，涉及基于二代测序技术的胰腺癌检测panel、试剂盒及其应用。

背景技术

胰腺癌是一种恶性程度很高，诊断和治疗都很困难的消化道恶性肿瘤，约90％为起源于腺管上皮的导管腺癌，其发病率和死亡率近年来明显上升。5年生存率1％，是预后最差的恶性肿瘤之一。胰腺癌早期的确诊率不高，手术死亡率较高，而治愈率很低。

应用基因测序来确定患者的靶向治疗方案在胰腺癌中已越来越普遍，但是现有胰腺癌的测序不是集中在特定的基因，就是全外显子组测序，前者特定的基因数量少，覆盖率低，难以做到大面积兼顾；后者基因数量过多，大部分于胰腺癌治疗没有起到指导作用，且成本相对较高。因此，急需一种既兼顾与胰腺癌治疗相关的基因，又不局限于少数的靶向治疗基因的胰腺癌检测方法。

发明内容

为了可以实现对胰腺癌的精准检测，为诊断提供更有效的信息，本发明挑选TCGA数据库、MSKCC-IMPACT数据库等多平台的基因变异数据，基于二代测序技术，利用生物素探针杂交法富集其中685个基因的重要外显子区域与部分内含子区域，并进行高深度测序，从而发现与胰腺癌有明确临床相关性的基因突变、拷贝数变异等事件，并将该多基因筛选列表做成探针。

第一方面，本发明提供了基于二代测序技术的胰腺癌检测panel，所述检测panel包括用于检测胰腺癌预后相关的突变基因、拷贝数变异的基因及发生重排事件的基因。

在某些实施例中，所述基因突变包括以下基因：ABCB1、ABCC2、ABL1、ABL2、ACVR1、ACVR1B、ACVR2A、ADGRA2、AFF1、AGO2、AHNAK、AKT1、AKT2、AKT3、ALK、ALOX12B、AMER1、ANKRD11、APC、APCDD1、AR、ARAF、ARFRP1、ARHGEF12、ARID1A、ARID1B、ARID2、ARID5B、ARMC5、ARRDC3、ASH1L、ASXL1、ASXL2、ASXL3、ATF1、ATM、ATP1A1、ATP2B3、ATR、ATRX、AURKA、AURKB、AXIN1、AXIN2、AXL、B2M、BABAM1、BACH1、BAP1、BARD1、BBC3、BCL10、BCL2、BCL2L1、BCL2L11、BCL2L2、BCL6、BCOR、BCORL1、BCR、BIRC3、BLM、BMPR1A、BMS1、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRD4、BRIP1、BTG1、BTG2、BTK、C8orf34、CACNA1D、CALR、CARD11、CARM1、CASP7、CASP8、CBFB、CBL、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CD22、CD274、CD276、CD40、CD70、CD74、CD79A、CD79B、CD80、CD86、CDA、CDC42、CDC73、CDH1、CDK12、CDK4、CDK6、CDK8、CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CEBPA、CENPA、CHD1、CHD2、CHD4、CHEK1、CHEK2、CHUK、CIC、CLASP2、CNTNAP5、COL1A1、CRBN、CREBBP、CRKL、CRLF2、CSDE1、CSF1R、CSF3R、CTCF、CTLA4、CTNNA1、CTNNB1、CUL3、CUL4A、CUL4B、CUX1、CXCR4、CYLD、CYP17A1、CYP19A1、CYP2C8、CYP2D6、CYSLTR2、DAXX、DCUN1D1、DDR1、DDR2、DEPDC5、DICER1、DIS3、DMC1、DNAJB1、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、DOT1L、DPYD、DROSHA、DUSP4、DYNC2H1、E2F3、EED、EGFL7、EGFR、EIF1AX、EIF4A2、EIF4E、ELF3、ELK4、ELOC、EME1、EME2、EMSY、EP300、EPAS1、EPCAM、EPHA2、EPHA3、EPHA5、EPHA7、EPHB1、EPHB4、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC1、ERCC2、ERCC3、ERCC4、ERCC5、ERF、ERG ERRFI1、ESR1、ETV1、ETV4、ETV5、ETV6、EWSR1、EZH1、EZH2、EZR、FAM175A、FAM46C、FANCA、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FAS、FAT1、FAT3、FBXW7、FCGR2B、FGF10、FGF12、FGF14、FGF19、FGF23、FGF3、FGF4、FGF6、FGF7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FHIT、FLCN、FLT1、FLT3、FLT4、FOXA1、FOXL2、FOXO1、FOXP1、FRS2、FUBP1、FYN、GABRA6、GALNT12、GATA1、GATA2、GATA3、GATA4、GATA6、GEN1、GID4、GLI1、GNA11、GNA13、GNAQ、GNAS、GPS2、GREM1、GRIN2A、GRM3、GSK3B、GSTM1、GSTP1、GSTT1、H3F3A、H3F3B、H3F3C、HDAC1、HDAC2、HDAC4、HGF、HIST1H1C、HIST1H2BD、HIST1H3A、HIST1H3B、HIST1H3C、HIST1H3D、HIST1H3E、HIST1H3F、HIST1H3G、HIST1H3H、HIST1H3I、HIST1H3J、HIST2H3C、HIST2H3D、HIST3H3、HLA-A、HLA-B、HMGB1、HNF1A、HNF1B、HOXB13、HRAS、HSD3B1、HSP90AA1、ICOSLG、ID3、IDH1、IDH2、IFNGR1、IGF1、IGF1R、IGF2、IKBKE、IKZF1、IL10、IL7R、INHA、INHBA、INPP4A、INPP4B、INPPL1、INSR、IPMK、IRF2、IRF4、IRS1、IRS2、JAK1、JAK2、JAK3、JUN、KAT6A、KCNJ5、KDM5A、KDM5C、KDM6A、KDR、KEAP1、KEL、KIT、KLF4、KLHL6、KMT2A KMT2B、KMT2C、KMT2D、KNSTRN、KRAS、LATS1、LATS2、LMO1LRP1B、LTK、LYN、LZTR1、MAF、MAFA、MAGI2、MALT1、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAP3K1、MAP3K13、MAP3K14、MAP4K2、MAPK1MAPK3、MAPKAP1、MAPKBP1、MAX、MCAM、MCL1、MDC1、MDM2MDM4、MED12、MEF2B、MEN1、MERTK、MET、MGA、MGMT、MITF、MKNK1、MLH1、MLH3、MLLT1、MPL、MRE11、MSH2、MSH3、MSH4、MSH6、MSI1、MSI2、MST1、MST1R、MTAP、MTHFR、MTOR、MUS81、MUTYH、MYB、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、MYOD1、NBN、NCOA3、NCOR1、NEB、NEGR1、NF1、NF2、NFE2L2、NFKBIA、NKX2-1、NKX3-1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、、OTCH4、NPM1、NQO1、NR3C1、NR4A3、NRAS、NRG1、NSD1、NT5C2、NTHL1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、NUF2、NUMA1、NUP93、NUTM1、OGG1、P2RY8、PAK1、PAK3、PAK5、PALB2、PARP1、PARP2、PARP3、PARP4、PAX5、PBRM1、PDCD1、PDCD1LG2、PDGFRA、PDGFRB、PDK1、PDPK1、PGR、PHF2、PHOX2B、PIK3C2B、PIK3C2G、PIK3C3、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD、PIK3CG、PIK3R1、PIK3R2、PIK3R3、PIM1、PLCG2、PLK2、PMAIP1、PML、PMS1、PMS2、PNRC1POLD1、POLE、POM121L12、POT1、PPARG、PPM1D、PPP2R1A、PPP2R2A PPP4R2、PPP6C、PRDM1、PRDM14、PREX2、PRKACA、PRKAR1A、PRKCI、PRKD1、PRKDC、PRKN、PRSS8、PRUNE2、PSIP1、PTCH1、PTEN、PTK2、PTP4A1、PTPN11、PTPRD、PTPRO、PTPRS、PTPRT、QKI、RAB35、RAC1、RAC2、RAD21、RAD50、RAD51、RAD51AP2、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAD52、RAD54L、RAF1、RANBP2、RARA、RASA1、RASSF1、RB1、RBBP8、RBM10、RBM6、RECQL、RECQL4、REL、RET、RFWD2、RHEB、RHOA、RICTOR、RIT1、RNF43、ROBO1ROBO2、ROS1、RPA1、RPL22、RPS6KA4、RPS6KB2、RPTOR、RRAGCRRAS、RRAS2、RRM1、RSPO2、RTEL1、RUNX1、RUNX1T1、RXRA RYBP、SCN7A、SDC4、SDHA、SDHAF2、SDHB、SDHC、SDHD、SEMA3C、SESN1、SESN2、SESN3、SETD2、SF1、SF3A1、SF3B1、SGK1、SH2B3、SH2D1A、SHOC2、SHQ1、SLC34A2、SLCO1B1、SLIT2、SLX1A、SLX4、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMARCA2、SMARCA4、SMARCB1、SMARCD1、SMO、SMYD3、SNCAIP、SOCS1、SOS1、SOX10、SOX17、SOX2、SOX9、SPEN、SPOP、SPRED1、SPTA1、SRC、SRSF2、STAG2、STAT3、STAT4、STAT5A、STAT5B、STK11、STK19、STK40、SUFU、SUGP2、SUZ12、SYK、TACC3、TAF1、TAP1、TBX3、TCF3、TCF7L2、TEK、TERC、TERT、TET1、TET2、TGFBR1、TGFBR2、TIMP3、TIPARP、TMEM127、TMPRSS2、TNFAIP3、TNFRSF14、TNFSF11、TOP1、TOP2A、TP53、TP53BP1、TP53BP2、TP63、TPMT、TRAF2、TRAF7、TRIM33、TRRAP、TSC1、TSC2、TSHR、TYMS、TYRO3、U2AF1、U2AF2、UGT1A1、UMPS、UPF1、USP6、USP8、VEGFA、VEGFB、VEGFC、VHL、VTCN1、WHSC1、WHSC1L1、WISP3、WRN、WT1、WWTR1、XIAP、XPC、XPO1、XRCC1、XRCC2、XRCC3XRCC4、XRCC6、YAP1、YES1、YY1、ZBTB2、ZFHX3、ZNF217、ZNF292、ZNF703、ZNRF3、ZRSR2。