[发明专利]显现单个细胞中的修饰的核苷酸和核酸相互作用

说明书

用于显现单个细胞中的特异性核酸序列中的修饰的核苷酸或特异性核酸序列相互作用的方法，其中所述方法包括将原位杂交(ISH)反应与邻近连接测定(PLA)反应偶联。

领域

本公开涉及用于显现单个细胞中的特异性核酸序列中的修饰的核苷酸或特异性核酸序列相互作用的方法。

背景

表观遗传学是指在DNA序列没有改变的情况下发生的基因表达的遗传变化。主要表观遗传过程包括DNA甲基化和组蛋白共价修饰。存在许多技术可用于在分子水平或基因组规模上研究表观遗传标记。然而，需要的是，显现个体细胞中在单个基因组基因座的表观遗传标记的技术。

概述

在本公开的各个方面中，提供了用于显现细胞中特异性核酸序列中的修饰的核苷酸的方法。所述方法包括：a)使制备的细胞与至少一种核酸探针接触，所述至少一种核酸探针用至少一种标记物标记且与该特异性核酸序列互补，其中所述核酸探针与所述特异性核酸序列杂交以形成杂交细胞；b)使所述杂交细胞与第一结合剂和第二结合剂接触，所述第一结合剂结合所述核酸探针的标记物，所述第二结合剂结合所述修饰的核苷酸；和c)通过邻近连接测定法检测所述第一和第二结合剂以显现细胞中的特异性核酸序列中的修饰的核苷酸。在一些实施方案中，制备的细胞是固定的，透化的，并且任选地包含变性的染色体DNA。在其它实施方案中，所述修饰的核苷酸选自5-甲基胞苷、3-甲基胞苷、5-羟甲基胞苷、5-甲酰基胞苷、5-羧基胞苷、1-甲基腺苷、6-甲基腺苷、7-甲基鸟苷、黄嘌呤核苷、肌苷、二氢尿苷或假尿苷或具有2'-O-甲基化的修饰的核糖。在进一步实施方案中，所述特异性核酸序列选自启动子DNA、增强子DNA、CpG岛、编码DNA、内含子DNA、信使RNA、微小RNA、非编码RNA、长非编码RNA、核糖体RNA、转移RNA、小核RNA、小核仁RNA、SmYRNA、YRNA、剪接的前导RNA、端粒酶RNA组分、小干扰RNA、Piwi-相互作用RNA或反式作用RNA。在其它实施方案中，所述标记物是选自生物素、洋地黄毒苷、二硝基苯基、荧光素、二乙基氨基香豆素、罗丹明、花青3、花青5或德克萨斯红的半抗原或染料。在仍然其它实施方案中，所述核酸探针是线性或环状的，包含DNA、RNA、LNA或其组合，并且具有约15个核苷酸至约500个核苷酸的长度。在替代实施方案中，所述细胞是选自真核细胞、哺乳动物细胞、人细胞、正常细胞或癌细胞的个体细胞，或者所述细胞在获得自真核生物的组织样品或流体样品内。在一些实施方案中，其中所述修饰的核苷酸是5-甲基胞苷，并且所述特异性核酸序列是Septin 9启动子。