[发明专利]细菌全基因组测序数据的自动化分析方法及系统

权利要求书

1.一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，其特征在于，包括：

获取细菌基因组测序数据，判断测序数据类型；

根据测序数据的类型分别进行相应预处理；

根据用户选择的分析类型及预设的工具软件和软件参数，对预处理后的测序数据进行重测序分析和从头测序分析；

实现细菌全基因组的鉴定和注释。

2.如权利要求1所述的一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，其特征在于，所述用户选择的分析类型及预设的工具软件和软件参数，通过配置文件进行保存，用户通过修改配置文件实现相关自定义设置。

3.如权利要求1所述的一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，其特征在于，所述重测序分析具体为：

对预处理的测序数据进行组装，利用预选的工具软件将产生的contigs与本地细菌数据库中的参考基因组序列进行比对，确定相似度最高的全基因组序列；将contigs与所述相似度最高的全基因组序列进行比对，实现细菌全基因组的鉴定和注释；

或，使用预选的工具软件将预处理的测序数据与参考基因组比对，利用预选的工具软件将产生的contigs与本地细菌数据库中的参考基因组序列进行比对，确定相似度最高的全基因组序列；将contigs与所述相似度最高的全基因组序列进行比对，实现细菌全基因组的鉴定和注释。

4.如权利要求1所述的一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，其特征在于，所述从头测序分析具体为：

对预处理的测序数据进行组装，然后执行组装质量评估操作，将组装好的Contigs与细菌数据库中的基因组进行比对，从对比结果中获得注释信息。

5.如权利要求1所述的一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，其特征在于，所述对预处理的测序数据进行组装，供选择的组装工具软件包括：Megahit、Velvet、SPAdes和Canu，其中，Megahit和Velvet用于短读长测序数据，Canu用于长读长测序数据，SPAdes可用于短读长和长读长测序数据。

6.如权利要求1所述的一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，其特征在于，所述预处理具体包括：序列质量评估、序列质量控制和质量控制后的序列质量评估，其中，所述序列质量控制过程中删除了测序接头序列和引物序列，并从要对齐或组装的原始测序数据队列中过滤出低质量的数据。

7.如权利要求1所述的一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，其特征在于，所述数据类型包括短读长测序数据和长读长测序数据。

8.一种细菌全基因组测序数据的自动化分析系统，其特征在于，包括：

数据获取单元，其用于获取细菌基因组测序数据，判断测序数据类型；

预处理单元，其用于根据测序数据的类型分别进行相应预处理；

分析单元，其用于根据用户选择的分析类型及预设的工具软件和软件参数，对预处理后的测序数据进行重测序分析和从头测序分析；实现细菌全基因组的鉴定和注释。

9.如权利要求8所述的一种细菌全基因组测序数据的自动化分析系统，其特征在于，所述自动化分析系统还包括配置单元，其用于将所述用户选择的分析类型及预设的工具软件和软件参数，通过配置文件进行保存，用户通过修改配置文件实现相关自定义设置。

10.一种计算机可读指令，其特征在于，该指令被处理器执行时实现如权利要求1-7任一项所述的一种细菌全基因组测序数据的自动化分析系统。