[发明专利]生成双链衔接物的方法

说明书

本申请涉及样品制备方法。本公开内容提供了制备用于测序的核酸样品的单扩增法和双扩增法。

本申请是申请日为2015年09月24日，申请号为 201580063859.X，发明名称为“样品制备方法”的申请的分案申请。

交叉引用

本申请要求2014年9月24日提交的序列号为62/054,886的美国临时申请和2015年4月20日提交的第14/691,457号美国专利申请的优先权，其通过引用而整体并入本文。

背景技术

尽管近年来核酸测序的成本已经降低，但样品制备仍然费用高昂。只有几种样品制备方法与最流行的测序平台相兼容。这些方法可能费用高昂且又耗时。特别是，文库制备可能需要在核酸片段上生成突出的碱基。该步骤是制备测序文库较为低效的一步步骤。提高该步骤的效率将减少制备测序文库所需的起始核酸的量。需要用于测序的样品制备的新方法，特别是借此提高生成具有突出碱基的核酸片段的效率的方法。

发明内容

本文提供了用于生成核酸片段的衔接子连接的文库的方法。特别地，公开了用于制备部分互补的双链核酸片段的方法，使得一条链延伸超出另一条以产生突出端。这样的突出端可以提高酶促反应和生化反应的效率。例如，这样的突出端可与其互补序列退火，以允许核酸片段的靶向配对。在另一实例中，具有互补突出端的核酸片段的连接比平端核酸片段的连接更有效率。

在一方面，本公开内容提供了用于生成双链核酸分子的衔接子连接的文库的方法，其包括：在单一反应容器或反应混合物中，使多个单链多核苷酸与第一组随机引物相接触，每个随机引物包含可切割5’端；延伸该第一组随机引物以生成与该单链多核苷酸杂交的第一延伸产物，从而形成第一双链双链体；使该第一双链双链体变性为单链；使该第一多核苷酸延伸产物与第二组随机引物杂交(该第一组引物和该第二组引物可以相同或不同)；延伸该第二组随机引物以生成与该第一延伸产物杂交的第二延伸产物，从而形成第二双链双链体；切割该第一延伸产物和/或该第二延伸产物的可切割5’端，从而形成具有一个或多个突出端的第二双链双链体；以及使包含3’突出端的一个或多个双链衔接物与先前步骤的第二双链双链体连接，从而形成该衔接子连接的文库。该双链衔接物在一些实例中可以包含核酸条码，诸如样品条码、分子条码或随机化条码。随机引物可以是完全简并或部分简并的。可采用单个清理步骤来执行整个文库制备。可采用不超过两个清理步骤来执行整个文库制备。可采用仅三个清理步骤来执行整个文库制备。