[发明专利]一种个体化肿瘤新生抗原肽的筛选方法及其疫苗制剂

权利要求书

1.一种个体化肿瘤新生抗原肽的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤一，针对产生疫苗包含的新生抗原的突变及抗原肽本身，收集整理变量信息；

所述变量信息包括：产生新生抗原的突变在基因组水平的突变频率Ag，产生新生抗原的突变在转录组水平的突变频率Ar，产生新生抗原的突变所在基因的表达量E，突变导致的氨基酸改变数目H，MHC蛋白I型和MHC蛋白II型表位序列的质量指标M_i及M_ii，抗原肽包含活性肽的情况ACTIVE，抗原肽包含药物肽的情况DRUG，抗原肽的与人正常蛋白的同源性情况HOM，抗原肽的毒性预测结果TOXIC；

步骤二，根据公式计算，得到每一条设计的抗原肽的综合评分iNeo_Score；

iNeo_Score综合评分的计算公式为：

iNeo_Score＝f₁(Ag)×f₂(Ar)×f₃(E)×f₄(M_i)×f₅(H)+f₆(M_ii)；

其中，Ag为产生新生抗原的突变在基因组水平的突变频率，Ar为转录组水平突变频率，E为产生新生抗原的突变所在基因的表达量，H为突变导致的氨基酸改变情况，M_i和M_ii则为综合MHC蛋白I型和MHC蛋白II型表位序列情况计算的I型II型表位序列质量指标，f₁-f₆为对应指标的转换函数；

去除iNeo_Score为0的抗原肽，剩余的抗原肽全部作为备选抗原肽，准备进行抗原肽筛选；

步骤三，将抗原肽按照iNeo_Score进行降序排列，然后从上至下依次进行抗原肽选取；在选取一条抗原肽后，根据肽段信息检查毒性、活性肽、同源性这三项指标；

若抗原肽的以上三个指标有任一项不合格，则该条抗原肽直接丢弃；

若全部合格，则将该抗原肽作为选定抗原肽保留，并删除同一突变产生的其他抗原肽序列；

步骤四，继续按照顺序向下选取下一条抗原肽，并重复以上过程，直到获取足够的候选抗原肽或所有备选抗原肽都选取完毕为止，得到筛选后的抗原肽；

步骤五，合成多肽，采用纯化体系分段收集纯度阈值纯度的部分，待收集足够量后，浓缩及冷冻干燥，干燥后放置冻干品，进行纯度检测，若此肽纯度仍高于阈值纯度，则入选进入制剂分组，若此肽纯度低于阈值纯度，则判定为不稳定肽，不进入制剂分组；

步骤六，对筛选后能进入制剂分组的抗原肽进行制剂分组；

分组要求包括：

1，对一份n条多肽进行分组，根据条数制定分组组数；

2，根据每条肽对应的HPLC保留时间，将每组分到的肽按照对应的HPLC保留时间从小到大排序排好，每组相邻两个多肽保留时间的差值要大于单个多肽峰的最大峰宽对应的时间差值；

3，将带半胱氨酸的多肽均匀分到每一组；

4，每条肽都有对应的凝胶色谱聚合物保留时间，要求每组分到的所有原料肽对应聚合物凝胶色谱保留时间与所有原料肽本身凝胶色谱保留时间不重叠。

2.根据权利要求1所述的一种个体化肿瘤新生抗原肽的筛选方法，其特征在于，所述变量的信息来源包括：

产生新生抗原的突变在基因组水平的突变频率Ag的信息来源为外显子组测序，

产生新生抗原的突变在转录组水平的突变频率Ar的信息来源是转录组测序，

产生新生抗原的突变所在基因的表达量E的信息来源是转录组测序，

突变导致的氨基酸改变数目H的信息来源是突变信息注释，

MHC蛋白I型和MHC蛋白II型表位序列的质量指标M_i及M_ii综合考虑表位序列数目、表位序列与MHC蛋白的亲和力、表位序列与MHC蛋白的亲和力改变，其信息来源是表位序列与MHC蛋白的亲和力预测，

抗原肽包含活性肽的情况ACTIVE的信息来源是抗原肽信息注释，

抗原肽包含药物肽的情况DRUG的信息来源是抗原肽信息注释，

抗原肽的与人正常蛋白的同源性情况HOM的信息来源是抗原肽信息注释，

抗原肽的毒性预测结果TOXIC的信息来源是抗原肽的毒性预测分析。