[发明专利]一种基于染色体特异探针的鼠疫耶尔森菌鉴定方法

说明书

本发明公开了一种基于染色体特异探针的鼠疫耶尔森菌鉴定方法。本发明提供了用于鉴定或者辅助鉴定鼠疫耶尔森菌的探针组，由SEQ ID No.1至SEQ ID No.97所示的97个探针组成。本发明探针对于未知样品的测序结果(包括二代或三代)进行检测，由于采用多达97条特异探针，只要有任何一条探针检测出来，就可以判定为阳性，检测出来的探针越多，可信度越高，并且这些探针均匀分布在整个染色体上，从而保证了即使测序质量差及覆盖度不高的基因组序列，也可以用这些电子探针进行查询，快速简便高效地鉴定出该样品是否携带有鼠疫菌。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种基于染色体特异探针的鼠疫耶尔森菌鉴定方法。

背景技术

鼠疫是由鼠疫耶尔森菌引起的人兽共患传染病。鼠疫菌属于甲类传染病致病菌，人通过接触感染的动物，食入污染的食物或被鼠蚤类动物叮咬等途径而感染，引起腺鼠疫和致命的肺鼠疫和败血症鼠疫。我国地缘辽阔，现有12块已知的鼠疫自然疫源地，每年基本都会有鼠疫疫情出现，造成社会恐慌，影响我们的正常生产生活。面对频繁出现并且涉及区域广泛的鼠疫疫情，选择快速、准确的鼠疫菌鉴定方法是至关重要的。

传统的鉴定方法为培养鉴定法，病原体经过培养后利用生化指标进行鉴定，如糖醇酵解试验及亚硝酸盐生成试验、色素沉着试验等，但耗时耗力。随着分子生物学的飞速发展，聚合酶链式反应技术(PCR)是鼠疫菌检测的常规技术方法。然而，鼠疫菌是由假结核耶尔森菌进化而来，两者DNA同源性很高。鼠疫菌携带有3个质粒，即pCD1、pMT1和pPCP1，而pCD1质粒为鼠疫菌和假结核菌所共有，pMT1和pPCP1质粒则是鼠疫菌在进化过程中由外源性获得的，与鼠疫菌的致病性密切相关。这些因素给鼠疫菌分子鉴定带来很大的障碍。早先用来鉴定的靶标都是使用特有质粒上的序列，在遇到非典型菌株(如质粒丢失的菌株)不能够有效进行鉴别。还有一些染色体上的引物用来区分这两种菌，但采用的菌株数目太少，引物特异性有限。

随着分离的菌株越来越多和测序技术的迅速发展，耶尔森菌属细菌基因组文库变得更加繁杂。NCBI中的鼠疫菌基因组数据库包含了一些非鼠疫菌基因组数据，该数据来自简单的序列比对，混入了鼠疫菌基因组数据库中，误导相关人员进行后续分析。建立一个简单明确、快速高效的鉴定鼠疫菌的方法是迫切需要的。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于染色体特异探针的鼠疫耶尔森菌鉴定方法。

第一方面，本发明要求保护用于鉴定或者辅助鉴定鼠疫耶尔森菌的探针组。

本发明要求保护的用于鉴定或者辅助鉴定鼠疫耶尔森菌的探针组，由如下组成：

探针1：SEQ ID No.1所示单链DNA；

探针2：SEQ ID No.2所示单链DNA；

探针3：SEQ ID No.3所示单链DNA；

探针4：SEQ ID No.4所示单链DNA；

探针5：SEQ ID No.5所示单链DNA；

探针6：SEQ ID No.6所示单链DNA；

探针7：SEQ ID No.7所示单链DNA；

探针8：SEQ ID No.8所示单链DNA；

探针9：SEQ ID No.9所示单链DNA；

探针10：SEQ ID No.10所示单链DNA；

探针11：SEQ ID No.11所示单链DNA；

探针12：SEQ ID No.12所示单链DNA；

探针13：SEQ ID No.13所示单链DNA；