[发明专利]一种基于纳米孔测序的病原微生物检测系统和方法

权利要求书

1.一种基于纳米孔测序的病原微生物检测系统，其特征在于，包括：

数据输入模块，用于接受样本基于纳米孔测序的原始序列集和样本信息的输入，并用于对所述原始序列集进行质控，得到高质量序列集；

数据库存储模块，用于存储病原微生物数据库；

病原微生物鉴定模块，分别与数据输入模块和数据库存储模块连接，用于将所述高质量序列集与所述病原微生物数据库进行多次比对，所述多次比对为二次比对，包括第一比对和第二比对，第一比对将所述高质量序列集利用第一参数与所述病原微生物数据库进行比对，能够比对上病原微生物数据库的序列为第一序列集，统计得到第一序列集比对到的第一病原微生物信息；第二比对将所述高质量序列集利用第二参数与所述病原微生物数据库进行比对，能够比对上病原微生物数据库的序列为第二序列集，统计得到第二序列集比对到的第二病原微生物信息，所述第一序列集和所述第二序列集的交集为病原微生物序列集，将病原微生物序列集及其相应的病原微生物信息作为病原微生物鉴定结果；

结果输出模块，与所述病原微生物鉴定模块连接，用于输出病原微生物鉴定结果。

2.根据权利要求1所述的病原微生物检测系统，其特征在于，所述病原微生物数据库包括病原微生物参考序列数据库和病原微生物注释数据库。

3.根据权利要求2所述的病原微生物检测系统，其特征在于，所述病原微生物鉴定结果包括物种信息、物种reads、reads占该物种比例、覆盖度、深度。

4.根据权利要求1所述的病原微生物检测系统，其特征在于，所述病原微生物鉴定模块还对病原微生物鉴定结果进行验证：将所述病原微生物序列集进行在线BLAST比对，利用比对一致性和查询序列覆盖度信息剔除假阳性结果。

5.根据权利要求4所述的病原微生物检测系统，其特征在于，所述BLAST比对为BLASTN比对。

6.根据权利要求2所述的病原微生物检测系统，其特征在于，所述病原微生物数据库还包括样本归纳信息数据库，包括一个或多个样本进行病原微生物检测后得到的病原微生物鉴定结果。

7.根据权利要求6所述的病原微生物检测系统，其特征在于，所述结果输出模块还与数据库存储模块连接，用于将所述病原微生物鉴定结果输出至所述病原微生物数据库中，对所述样本归纳信息数据库进行更新。

8.一种基于纳米孔测序的病原微生物检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1，构建病原微生物数据库，包括病原微生物参考序列数据库、病原微生物注释数据库；

S2，获得样本的纳米孔测序的原始序列集和样本信息，对所述原始序列集进行质控，得到高质量序列集；

S3，将所述高质量序列集与病原微生物数据库进行多次比对，所述多次比对为二次比对，包括第一比对和第二比对，第一比对将所述高质量序列集利用第一参数与所述病原微生物数据库进行比对，能够比对上病原微生物数据库的序列为第一序列集，第二比对将所述高质量序列集利用第二参数与所述病原微生物数据库进行比对，能够比对上病原微生物数据库的序列为第二序列集；

S4，将所述第一序列集和所述第二序列集的交集作为病原微生物序列集，将病原微生物序列集及其相应的病原微生物信息作为病原微生物鉴定结果。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，进一步包括对所述病原微生物鉴定结果进行验证的步骤：

S5，将所述病原微生物序列集进行在线BLAST比对，利用比对一致性和查询序列覆盖度信息剔除假阳性结果。

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，进一步包括以下步骤：

S6，利用所述病原微生物鉴定结果构建样本归纳信息数据库并存储至所述病原微生物数据库中，再次对样本进行病原微生物鉴定时，利用新的病原微生物鉴定结果对所述样本归纳信息数据库进行更新。