[发明专利]基于KASP的大豆核心SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了基于KASP的大豆核心SNP标记及其应用，属于分子检测技术领域。本发明基于KASP的SNP标记，包括65个核心SNP标记，用于鉴定大豆资源。本发明与以往高通量SNP芯片检测相比，在进行品种确权或纯度分析时只需要采用序贯法进行分析，达到确权所需的差异位点时，不再需要对其他位点进行检测；因此，本发明开发的KASP标记具有样本和位点数等方面的检测灵活性，适宜进行大量样本的快速分型。

技术领域

本发明涉及分子检测技术领域，更具体的说是涉及基于KASP的大豆核心SNP标记及其应用。

背景技术

我国是大豆起源国，拥有最丰富的大豆种质资源，目前编目资源超过3万份，包括栽培大豆27827份、野生大豆6708份、国外引进种质3218份。申请人所在项目组负责国家大豆种质资源的收集、评价和利用研究，曾经比其他国家早7-10年开始研究核心种质的取样方法、开展通过分子标记检测(SSR标记)评价构建核心种质。国际上近年也报道了SNP芯片的开发与利用，美国农业部大豆基因组和改良实验室根据6份栽培大豆和两份野生大豆基因组变异率先开发了由6万个SNP位点组成的大豆高通量SNP芯片SoySNP50K。随着大豆重测序研究的开展，更多的野生和栽培大豆基因组变异被公布，利用中国香港测序的31份材料、韩国测序的16份数据结合，Lee等开发了包含180961个位点的商业化180K Axiom SoyaSNP芯片，用222份大豆进行验证。南京农业大学也利用中国香港测序的31份材料信息开发了NJAU 355K SoySNP芯片。但这些芯片基本是基于几份到几十份大豆基因组测序开发的，无法代表我国丰富资源的遗传变异。近期，利用2214份我国代表性资源重测序，将这些数据与参考基因组Wm82.a2.v1(Phytozome,https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html)进行比对，去除缺失率0.1和杂合度15％位点，同时按照所有位点左右35bp无干扰SNP位点以及保留次要等位基因频率(MAF)≥0.01的原则，删除无多态性位点，删除SNP两侧50bp均有干扰或单侧探针序列长度为0的位点(保留tiling order＝1位点)，获得超过15万个高质量SNP位点，开发适合我国大豆资源检测利用的自主知识产权SNP芯片“Illumina中豆芯一号”对于我国大豆资源的评价、鉴定和利用具有重要意义。这些高通量芯片逐步用于大豆种质资源的鉴定，但此类芯片标记的密度都相对较高，普遍存在的问题是需要特定的检测平台，并且检测成本较高，检测灵活性比较差。

随着国家对大豆基础研究和分子育种等相关研究支持力度的加大，大豆品种选育技术和水平有了显著提高，传统的育种技术和先进的生物技术相结合大大提高了育种效率，新培育的品种数量显著增加。1923-1950年期间，全国共育成大豆品种约20个。50年代以来，大豆育种在全国范围内开展起来，育成品种数量不断增加，逐步取代地方品种，在大豆生产中发挥重要作用。迄今为止，全国共育成大豆品种2500多个。种子生产、销售和使用也为育种家、公司和国家创造了不同的效益。同时，在利益驱使下，由种子的真实性产生的各种纠纷层出不穷。有些育种家的品种会被他人冒用，市场上知名品种的种子也被以各种名称包装、宣传、出售，给农民、育种家以及我国大豆产业发展造成重大经济损失。近年来，本单位多次接到全国各地不同工商行政管理机构和公安局经侦支队委托，对来自不同种子公司的种子进行真实性鉴定，90％以上的委托检验都涉及到品种套袋侵权、假冒伪劣问题。不仅种子市场确实存在同名但种子不同、种子相同却不同名的假冒伪劣品种，在每年的大豆区域试验中也发现基因型、表型都一样，但来源于不同育种家的品系参试，造成国家人力物力资源的浪费。如何应用分子生物学技术建立大豆品种真实性检测方法，对于保护国家利益及育种家品种权具有重要意义。基于此，需要开发低密度易操作的SNP位点及其检测方法。

因此，提供基于KASP的大豆核心SNP标记及其应用是本领域技术人员亟需解决的问题。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了基于KASP的大豆核心SNP标记及其应用。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：