[发明专利]在样品清理中再利用珠粒

说明书

本申请涉及在样品清理中再利用珠粒。本发明提供了通过使用表面活性剂而在不损失结合能力的情况下再利用珠粒和其它固体载体来分别捕获RNA和DNA的方法。

技术领域

本发明涉及捕获核酸的方法。

背景技术

DNA和RNA鉴定和分析的方法已变得司空见惯。在分析之前，必须经常从制备核酸的复杂混合物中分离或捕获核酸。例如，分离mRNA是基因表达和基因调节分析中的重要步骤，且可在早期疾病检测和药物开发中具有不可估量的价值。

用于DNA和RNA捕获的常用方法使用磁性固体载体，例如磁珠。这些方法通过在珠粒表面使用一或多种配体将DNA或RNA结合到珠粒上。可获得多种对特定颗粒具有亲和力的配体。例如，经常使用涂布有对在mRNA分子一端处的腺苷(poly(A)+尾)均聚物具有亲和力的配体的珠粒来捕获mRNA。一种这样的用于mRNA捕获的珠粒涂布有脱氧胸苷(oligo dT)的均聚物。一旦将mRNA捕获在磁珠上，便可收集珠粒，可去除未结合的物质，可释放mRNA，可从RNA合成cDNA，且接着可分析cDNA。

不幸的是，一旦用于捕获特定核酸，固体载体可能会随着时间的流逝而开始显著丧失其结合能力。因此，一旦mRNA被捕获、释放且合成了cDNA，接着便必须使用一组新的珠粒来捕获cDNA。以这种方式使用两组不同的珠粒会限制RNA和DNA分析的自动化，且极大地增加与早期疾病检测和药物开发相关的成本。这使数百万罹患可治疗疾病的人们无法获得适当的治疗。

发明内容

本发明提供在不显著损失结合能力的情况下再利用珠粒和其它固体载体来捕获RNA和DNA的方法。这允许将单组珠粒重复用于捕获RNA和DNA，且允许简化RNA和DNA分析的自动化。这极大地降低了与RNA和DNA分析、疾病早期检测和药物开发相关的成本，从而确保可将此类分析用于推动治疗选择。

本发明通过使用表面活性剂实现了珠粒和固体载体的再利用。例如，可如下地使用单一固体载体来捕获RNA和DNA：通过首先在涂布有oligo dT的固体载体上捕获RNA，接着可释放捕获的RNA，且接着在表面活性剂存在下在固体载体上捕获DNA，而不损失结合能力。表面活性剂可为十二烷基硫酸钠(SDS)。有利地，使用的固体载体可为珠粒，例如磁珠。

本发明的特定优势为其在mRNA测序中的用途。例如，一旦捕获了mRNA，接着便可释放捕获的RNA，且从释放的RNA合成cDNA。接着可利用相同的珠粒来捕获从RNA合成的cDNA。接着可例如通过测序来分析捕获的DNA。使用单组珠粒允许通过装置自动执行核酸分析，而无需持续的用户输入。

附图说明

图1图示了再利用珠粒以捕获RNA和DNA的方法。

图2图示了再利用珠粒以捕获RNA和合成的cDNA的方法。

具体实施方式

本发明提供了通过使用表面活性剂而在不损失结合能力的情况下再利用珠粒和其它固体载体来分别捕获RNA和DNA的方法。对用于核酸选择和/或清理应用的功能化珠粒和其对应缓冲液进行表面处理，以发挥特定作用。在多步酶促工艺中，通常的做法是改变缓冲液和反应组分，以专门满足不同酶的需求。这通常是通过将核酸与固体载体结合且去除未结合的组分来完成的。磁珠是最常见的载体，其中一种这样的珠粒涂布有脱氧胸苷(oligo dT)的均聚物。此珠粒用于捕获在一端具有腺苷(poly A尾)均聚物的信使RNA分子(mRNA)。可将核酸结合，收集珠粒，去除含有未结合物质的溶液，且将核酸再悬浮于新鲜溶液中。

在本发明中，通过使用表面活性剂，这些珠粒最初用于捕获且富集RNA(例如mRNA)，且接着在不同溶液中重整以用于通用DNA结合。可将表面活性剂提供至含有RNA和/或DNA的样品中的固体载体。