[发明专利]肿瘤基因共表达网络构建方法、装置、设备和存储介质

权利要求书

1.一种肿瘤基因共表达网络构建方法，其特征在于，包括：

获取目标人体系统中的多种组织癌变转录组测序数据和所述多种组织的正常转录组测序数据；所述目标人体系统是人体解剖学八大人体系统中的任一人体系统；

根据基因和转录本的关系，计算转录组测序数据的基因表达量；

根据转录组测序数据的测序编号，对转录组测序数据中的基因进行基因转换；

对完成基因转换后的转录组测序数据进行基因注释，并提取所有RNA的基因表达量；

根据所述基因注释的结果和提取出的所有RNA的基因表达量的结果，进行RNA类型分离；

根据正常转录组测序数据中基因表达量呈现均一化的RNA，提取出多种组织的癌变转录组测序数据中存在差异的mRNA、lncRNA和miRNA；

对所述多种组织的癌变差异mRNA、lncRNA和miRNA进行GO分析，得到所述多种组织的癌变差异mRNA、lncRNA和miRNA的表达矩阵；

将所述多种组织的癌变差异mRNA、lncRNA和miRNA的表达矩阵融合为一个目标表达矩阵；

对所述目标表达矩阵进行WGCNA分析，根据性状构建表达模块，取相关性最高的模块进行网络的构建。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括：

对构建的所述网络进行可视化分析，并对所述网络的自网络和肿瘤标志物进行挖掘。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，根据基因和转录本的关系，计算转录组测序数据的基因表达量，包括：

对转录组测序数据的序列进行质量检测，判断序列质量是否合格；

当所述序列质量合格，则根据基因和转录本的关系，计算转录组测序数据的基因表达量。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，根据基因和转录本的关系，计算转录组测序数据的基因表达量，包括：

基于基因对应的转录本和基因参考序列，将转录组测序数据中的序列比对到参考基因组上；

将比对到基因上的序列组装成转录本；

对组装成转录本的转录组测序数据进行表达量计算，获得转录组测序数据的基因表达量。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，对所述目标表达矩阵进行WGCNA分析，根据性状构建表达模块，取相关性最高的模块进行网络的构建，包括：

对所述目标表达矩阵进行离群样本和空值剔除，以癌症的种类为性状，筛选合适的β值构建表达模块，筛选并采用相关度最高模块构建表达网络。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，根据转录组测序数据的测序编号，对转录组测序数据中的基因进行基因转换，包括：

将转录组测序数据中的ensemble ID转换成Entrez ID,gene symbol和genename，并生成GTF格式的转录组测序数据。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，转录组测序数据包括标准数据库中的公开数据和用户自测数据中的至少一种。