[发明专利]与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记及应用

说明书

本发明公开了一种与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记及应用，利用重测序和标记开发技术，首次对墨绿色性状进行了定位与分析，获得了两个与墨绿性状紧密连锁的、具有多态性的、稳定可靠的In‑Del分子标记G4和G5。利用本发明中的分子标记可用于CpeSC1基因的克隆和功能分析，同时可用于幼苗期对美洲南瓜下胚轴的杂交群体后代进行分子标记的辅助选择。该方法简单，快速，准确，可以在一定程度上加速育种进程，提高育种效率。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记及应用。

背景技术

育种过程中最重要的环节之一就是对目标性状进行选择，选择目标性状的过程其实就是选择基因型的过程。然而在常规育种过程中，一般很难获知后代的基因型，育种家通常都是根据肉眼观察到的表型来进行选择。这种选择的缺点就是耗时较长且可能与基因型有偏差，造成选择的不准确性和效率低下。随着分子生物学的飞速发展，利用分子标记辅助选择结合常规杂交育种来进行新品种选育的技术已经越来越成熟，利用分子标记辅助选择具有准确、快速、不受环境干扰的优点，可以快速检测到与目标性状基因紧密连锁的位点，进而选择出目标性状，缩短育种进程。

南瓜是世界普遍栽培的蔬菜之一，其中亚洲栽培面积最大。据FAO数据显示，2016年中国南瓜产量高达778.94万吨(占全世界产量的21.6％)，其栽培面积为42.28万公顷(占全世界栽培面积的29.4％)。目前，中国是全世界南瓜栽培面积最大的国家。南瓜属包括三个常见的栽培种，分别为中国南瓜(Cucurbita moschata)，美洲南瓜(Cucurbita pepo)和印度南瓜(Cucurbita maxima)，其中美洲南瓜又称西葫芦是北方地区早春栽培的重要蔬菜之一。随着近些年南瓜属基因组的公布(Sun，2017)，分子标记的开发和辅助选择育种也在南瓜属逐渐展开，但整体上进度缓慢，且严重缺乏大量可靠的分子标记。

深色下胚轴可以增强植物的长势，有效的提高植物体叶绿素的含量和光合作用的效率。此外，含有该标记的幼苗在表型上有明显的墨绿色作为标记，可用于苗期的标记性状的鉴定，并应用于育种的杂交组合配置中。目前，针对茎干或下胚轴颜色定位工作的研究报道比较少。张丽嫒等(2016)通过对番茄绿茎基因Anthocyanin Absent定位于2号染色体96.3kb的区间，并初步筛选到slGSTAA(谷胱甘肽转移酶GST)为候选基因。分子标记具有准确性高、操作简单、效率高等特点，利用紧密连锁标记可以大大的减少育种的进程，提高育种效率。因此，进行南瓜下胚轴颜色的基因(Stem color gene,SC)定位，筛选紧密连锁的分子标记，建立早期辅助选择技术体系，对南瓜的遗传改良具有重要意义。

发明内容

本发明的目的之一在于提供两对与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记。

本发明的目的之二在于提供上述与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记的应用。

为实现上述目的，本发明采取如下技术方案：

本发明公开了两对与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记为G4或/和G5，位于美洲南瓜第15号染色体上。

扩增与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记引物对，所述分子标记G4对应的引物对序列为：

G4-F：CCCTCGAGTTGTTCTTCTGC

G4-R：ATTGTTCCCAGCTCAAACCA；

所述分子标记G5对应的引物对序列为：

G5-F：TCGTCTCCATAAGGAAATAG

G5-R：TTCAAGCAAACTACCATAAA。