[发明专利]用于阿马帕里病毒、库皮科斯病毒和伊派病毒检测的引物探针组合、试剂盒和方法

说明书

本发明涉及病毒检测技术领域，具体涉及用于阿马帕里病毒、库皮科斯病毒和伊派病毒检测的引物探针组合、试剂盒和方法。本发明提供用于阿马帕里病毒、库皮科斯病毒和伊派病毒检测分别或同时实时荧光定量RT‑PCR检测的引物探针组合，其含有三对特异性引物和三条特异性探针，其中，所述特异性引物的序列如SEQ ID NO.1‑6所示，所述特异性探针的序列如SEQ ID NO.7‑9所示。本发明提供的引物探针组合和检测方法具有高灵敏性和特异性、可重复性好、操作简便、检测时间短、所需样本量少、低污染，节约成本等优点，可直接对未知样本里提取的RNA进行检测，可与传统检测方案互补，在病毒的快速检测中具有较高的应用价值。

技术领域

本发明涉及病毒检测技术领域，具体涉及用于阿马帕里病毒、库皮科斯病毒和伊派病毒检测的引物探针组合、试剂盒和方法。

背景技术

沙粒病毒由外膜和核衣壳组成，呈圆形，含有脂质(外)胞膜，直径约为50-300nm(平均110-130nm)。外膜表面覆盖有一种蛋白组成的、长度约10nm的纤突，内部可见不同数量的来自宿主细胞的核糖体，在电镜下形如沙粒样，沙粒病毒因此而得名。病毒基因组由双向分节段的单股负义链RNA组成，较大的为L片段，长度约7400个核苷酸，编码RNA依赖的RNA聚合酶L蛋白和具有转录复制调节功能的Z蛋白；较小的为S片段，长度约3400个核苷酸，编码核蛋白NP和糖蛋白GP。L和S片段在病毒粒子中并非等量，而是以2：1的摩尔比存在。每个片段上的基因分别被含有发卡结构的非编码区隔开，5’端无帽状结构，3’端序列保守。由于S片段较L片段更为保守，因此常用S片段进行病毒进化研究和分类鉴定。

根据国际病毒学分类委员会(ICTV)2018年最新颁布病毒分类(https://talk.ictvonline.org/taxonomy/)，沙粒病毒科分为4个属：Antennavirus、Hartmanivirus、Mammarenavirus和Reptarenavirus，包含43个种。哺乳动物沙粒病毒属(Mammarenavirus)中35个种可分为旧世界沙粒病毒和新世界沙粒病毒，旧世界沙粒病毒中，代表病毒是淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒简称LCMV病毒。新世界沙粒病毒主要包括有4个clade，clade A有Pirital，Pichinde，Flexal，Parana和Alloahuayo virus五种病毒；cladeB有Junin,Machupo,Guanarito,Amapari,Tacaribe,Sabia,Cupixi和Chapare viruses八种病毒；clade C有Oliveros和Latino两种病毒；clade A/Rec包括有Whitewater Arroyo,Tamiami和Bear Canyo三种病毒；Lujo virus属于新世界沙粒病毒，但不在四个clade中。已发现可导致人严重疾病的沙粒病毒主要有拉沙病毒(Lassa virus)引起拉沙热，胡宁病毒(Junin virus)引起阿根廷出血热，马秋波病毒(Machupo virus)和查帕雷病毒(Chaparevirus)引起玻利维亚出血热，卢约病毒(Lujo virus)引起卢约出血热，瓜纳瑞托病毒(Guanarito virus)引起委内瑞拉出血热，萨比亚病毒(Sabid virus)引起巴西出血热，淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)引起淋巴细胞脉络丛脑膜炎。

阿马帕里病毒(Amapari virus)于1965年在巴西圭亚那毛鼠(Neacomys guianae)中首次被发现，该鼠也是阿马帕里病毒的储存宿主，阿马帕里病毒主要局限于巴西阿马帕地区的啮齿类动物中传播。库皮科斯病毒(Cupixi virus)于1965年在巴西食米鼠(Oryzomys gaeldi)中首次被发现，该病毒主要局限于巴西阿马帕地区的啮齿类动物中传播。伊派病毒(Ippy virus)于1984年在中非共和国尼罗河鼠(Arvicanthis sp)首次被发现，该病毒主要局限于中非的啮齿类动物中传播。