[发明专利]一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法

权利要求书

1.一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法，其特征在于：包括以下步骤：

(1)筛选并确定香猪繁殖性状相关候选基因标记，建立检测技术；

(2)收集每头候选香猪的表型数据；

(3)提取基因组DNA，进行基因分型；

(4)构建GBLUP育种模型，计算个体基因型产仔数育种值；

(5)根据育种值大小，进行种猪选择，淘汰育种价值低的个体。

2.根据权利要求1所述的一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法，其特征在于：具体包含以下步骤：步骤1：将基因型数值化，即予以赋值，基因型DD、DI和II分别赋值为-1，0，1，其中，-1代表DD基因型，0代表ID基因型，1代表II基因型，构建基因型关系矩阵，得到个体间的亲缘关系矩阵，G矩阵，其定义为：

G＝ZZ'/k

其中，Z阵列元素为：0-2p_j、1-2p_j、2-2p_j分别对应基因型DD、DI、II；p_j为等位基因I的频率，Z'为Z矩阵对应的逆矩阵；k定义为：

k＝2∑P_j(1-P_j)；

步骤2：使用步骤1中构建的G矩阵模型代入GBLUP模型方程组中，计算出每个个体的基因组育种值，GBLUP模型下的基因组选择的基本原理，即：

其中，G就是步骤1中所求的亲缘关系矩阵G矩阵，而G^-1为基因组关系矩阵G的逆矩阵，λ为遗传力相关值：

Cov(u,e')＝0，其中，I为单位矩阵，即每个个体的数量记录，V(μ)为μ随机加性遗传效应向量方差，V(e)为e随机残差效应向量的方差，Cov表示协方差，h²为遗传加性方差，即动物变异的传递能力，在混合模型方程组中，X`X评估动物的固定效应；Z`Z评估动物的随机效应；Z`X、X`Z均为评估动物的固定效应与随机效应的关系，λG^-1为遗传力相关值与亲缘关系乘积，为固定效应计算值；为随机效应计算值，即个体的基因组育种值；为表型观测值的累加，矩阵构建完成后，计算育种值，得到的育种值代表的是评估的动物群体中，个体遗传潜力的相对值，育种值越大表明其遗传潜力较好，可以作为种猪，反之则淘汰。

3.根据权利要求1所述的一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法，其特征在于：矩阵构建完成后，用自编写的Python程序代码，作为一个脚本，输入数据即可计算每个个体对应的基因型育种值。

4.根据权利要求1所述的一种评估香猪表型性状的个体基因组育种值方法，其特征在于：筛选出来的18个繁殖性状结构变异位点，作为分子标记位点。