[发明专利]一个与黄瓜果实多心室性状紧密连锁的分子标记Indel-LNT-36

说明书

本发明提供了一个与黄瓜果实多心室性状紧密连锁的分子标记，属于生物技术领域。黄瓜果实多心皮性状具有重要的育种价值。本发明通过研究开发了一个与黄瓜果实多心室性状紧密连锁的分子标记Indel‑LNT‑36。Indel‑LNT‑36标记引物在多心室黄瓜材料的基因组DNA中能扩增出105bp的PCR产物，而在三心室黄瓜材料的基因组DNA中能扩增出128bp的PCR产物。本发明公开的与黄瓜果实多心室性状紧密连锁的分子标记Indel‑LNT‑36，可用于黄瓜果实多心室性状的鉴定和分子标记辅助育种。

技术领域

本发明公开了与黄瓜果实多心室性状紧密连锁的分子标记Indel-LNT-36，属于蔬菜分子遗传育种技术领域，可用于黄瓜果实多心室性状的鉴定及分子标记辅助选择育种，以提高育种效率。

背景技术

黄瓜(Cucumis sativus L.2n＝2x＝14)是葫芦科甜瓜属一年生蔓生草本植物，是重要的蔬菜作物，其果实的外观性状与经济价值密切相关。心室数目是影响果实外观品质的重要因素，在同一物种内，心室数目增加通常伴随着果实直径的增大和果实单果重的增加，从而导致了果实形状、大小的变化，影响着消费者的选择；同时，对种子数也有一定的影响。不同黄瓜品种间因心室数目的不同而使得其外形产生很大差异，因此，对心室数目的研究对黄瓜外观性状的改良具有重要意义。

近年来，分子标记技术的快速发展，使得许多研究者在DNA水平上利用与目标性状或基因紧密连锁的分子标记对种质资源进行辅助选择，这一方法不受基因表达和环境条件的影响，可在早代进行快速准确选择，加快了育种进程。其中，InDel(Insertion/Deletion)分子标记是基于双亲全基因组重测序差异而开发的标记，因其在基因组内分布广、密度大、稳定性和多态率高、重复性好、对DNA质量要求较低检测容易且具有共显性遗传等众多优点成为分子标记开发的理想来源，可高效准确地用于构建遗传连锁图谱和重要经济性状遗传定位的研究，从而参与分子标记辅助育种。目前，已经获得了与黄瓜果长、果皮颜色、果刺、瓜把长以及抗病等性状紧密连锁的分子标记；然而，关于黄瓜果实心室数目性状遗传规律及定位也有部分研究。Li等人发现一个具有多心皮性状的黄瓜栽培品种True Lemon，通过遗传定位鉴定到了一个多心皮的候选基因CsCLV3(Li S，PanY P，Wen C L，etal.Integrated analysis in bi-parental and natural populations revealsCsCLAVATA3(CsCLV3)underlying carpel number variations in cucumber[J].Theoretical and Applied Genetics，2016，129(5)：1007-1022.)。本研究团队发现生长于云南省的我国特有的黄瓜变种西双版纳黄瓜，具有优异的多心室性状，因此该黄瓜材料具有较大的果实横径和单果重，通过遗传定位我们发现了控制黄瓜多心室的主效QTL位点(张开京，宋慧，薄凯亮，李季，马政，娄群峰，钱春桃，陈劲枫.西双版纳黄瓜多心室性状的QTL定位[J].中国农业科学，2015，48(16)：3211-3220)，而且发现该位点与Li等人发现的Ture Lemon多心皮位点存在显著不同，是一个新的多心室基因。但由于前期研究尚属于初步定位，与西双版纳黄瓜多心室性状连锁的分子标记还存在较远的遗传距离，这些连锁标记存在对多心室性状选择效率过低的问题，在分子标记辅助育种过程中会有较大概率出现性状丢失的情况。

在上述西双版纳黄瓜多心室性状初定位的基础上，我们开展了基因的进一步精细定位研究。以华北型的3心室黄瓜‘CC3’为母本和5心室的西双版纳黄瓜‘SWCC8’为父本，构建了杂交群体，并进一步通过单粒传的方法构建了含有124个单株的RIL9群体。利用已有的连锁图，结合RIL9群体2020秋心室性状统计结果，对西双版纳黄瓜心室数目性状重新进行初定位；接着，结合双亲重测序数据，在初定位区间内开发Indel标记，进一步缩短初定位区间，实现精确定位，鉴定了与黄瓜多心室性状紧密连锁的Indel标记，开发了更为精细，距离选择黄瓜多心室主效QTL距离更近，选择率更高的黄瓜多心室性状的连锁分子标记。该标记可用于黄瓜果实多心室性状的鉴定及分子标记辅助选择育种，对黄瓜外观品质性状的选择育种具有重要的应用价值。