[发明专利]基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用

说明书

本发明公开了基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合，由66个SNP标记组成，它们的信息如表1所示，这些SNP分子标记组合可用于龙胜凤鸡的分子标记辅助育种，在早期可以直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用、筛选方法及应用。

背景技术

广西具有丰富的地方鸡种质资源，目前列入中国家禽品种资源志的广西地方鸡品种有6个，分别是广西三黄鸡、霞烟鸡、广西麻鸡(灵山香鸡和里当鸡)、南丹瑶鸡、广西乌鸡(东兰乌鸡和凌云乌鸡)、龙胜凤鸡。其中，龙胜凤鸡俗称瑶山鸡，主要产区为广西壮族自治区龙胜各族自治县境内，属于兼用型地方品种。龙胜凤鸡体型偏小、结构紧凑、羽色颜色丰富、脚为青色、在多数个体中具有胫羽，且部分个体有凤头、胡须等特征。肉质鲜美、肉色以白色为主，且少部分的为浅乌，皮较薄且脂肪含量少。具有较强的抗病力和耐粗饲能力、适合在山区饲养。活体重是肉鸡上市的重要指标，同时，体尺性状(胫围、胫长、体斜长等)作为能够准确反应肉鸡体型外观的量化指标，在遗传选育过程中也具有重要作用。通过有效利用分子标记辅助育种，可以加快龙胜凤鸡在体重、体尺相关性状上的选育进程，提高生产应用的价值。

在早期关于复杂表型的研究中，主要利用QTL定位(QTL mapping)来寻找表型变异和基因组变异之间的关联。自20世纪90年代，QTL的连锁分析法广泛应用于鸡生长、胴体、肉质等性状的研究中。虽然该方法是一种经典的基因定位方法，但其更适用于单基因疾病或单基因控制性状的遗传研究，所以其对于复杂疾病和遗传力低的性状，检测效果有限，获得的QTL置信区间较大，可能包括数以百计的基因，不利于后续功能基因的精准定位，同时，在不同群体中的可重复性较差。

相比QTL连锁分析的方法，全基因组关联分析(Genome-wide associationstudies,GWAS)具有从整个基因组水平检测SNP和整体分析关联性的特点，不再是单一的考虑个别SNP的关联性，具有结果更加可靠等优点。GWAS最早由Risch等人提出，其概念是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(SNP)为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略，目前已经成为畜禽目的性状精细定位强有效的方法之一。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种与鸡体重、体尺相关的SNP分子标记的筛选方法。

本发明的另一个目的在于提供上述筛选方法筛选得到的基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记组合的用途。