[发明专利]实体瘤甲基化标志物及其用途

说明书

本申请涉及实体瘤甲基化标志物及其用途。本申请公开了用于将受试者鉴别为患有食管癌、胰腺癌或胃癌的方法和试剂盒。本申请还提供了用于生成与食管癌、胰腺癌或胃癌相关的生物标志物的甲基化谱的方法和试剂盒。

本申请是申请日为2017年7月6日，申请号为201780002263.8，发明名称为“实体瘤甲基化标志物及其用途”的申请的分案申请。

交叉引用

本申请要求于2016年7月6日提交的美国临时申请号62/358,795的权益，该申请通过引用并入本文。

发明背景

癌症是世界范围内死亡的主要原因，预计在今后二十年内，每年的病例将从2012年的1400万上升至2200万(WHO)。在一些情况下，仅在患者已经出现症状之后才开始针对实体瘤如食管癌、胰腺癌或胃癌的诊断程序，从而导致程序是昂贵的、侵入性的并且有时是耗时的。此外，无法接近的区域有时会妨碍准确的诊断。另外，高癌症发病率和死亡率与较晚的诊断相关。

发明内容

本文提供了用于将受试者鉴别为患有食管癌、胰腺癌或胃癌的方法和试剂盒。

在某些实施方案中，本文提供了选择疑似患有实体瘤的受试者进行治疗的方法，该方法包括：(a)采用脱氨剂对提取的基因组DNA进行处理以生成包含脱氨核苷酸的基因组DNA样品，其中所述提取的基因组DNA从来自疑似患有实体瘤的受试者的生物样品获得；(b)从所述提取的基因组DNA生成包含cg10673833的甲基化谱；(c)将所述生物标志物的甲基化谱与对照进行比较；(d)如果所述甲基化谱与所述对照相关，则将所述受试者鉴别为患有实体瘤；以及(e)如果所述受试者被鉴别为患有实体瘤，则向所述受试者施用有效量的治疗剂；其中所述实体瘤选自食管癌、胰腺癌或胃癌。

在一些实施方案中，所述比较进一步包括生成逐对甲基化差异数据集，该数据集包含：(i)经处理的基因组DNA的甲基化谱与第一正常样品的甲基化谱之间的第一差异；(ii)第二正常样品的甲基化谱与第三正常样品的甲基化谱之间的第二差异；以及(iii)第一原发性癌症样品的甲基化谱与第二原发性癌症样品的甲基化谱之间的第三差异。

在一些实施方案中，所述比较进一步包括通过机器学习方法利用对照对所述逐对甲基化差异数据集进行分析，以生成所述甲基化谱。

在一些实施方案中，所述第一原发性癌症样品为食管癌样品、胰腺癌样品或胃癌样品。

在一些实施方案中，所述第二原发性癌症样品为非食管癌样品、非胰腺癌样品或非胃癌样品。

在一些实施方案中，所述对照包含一组甲基化谱，其中每个所述甲基化谱均由从已知癌症类型获得的生物样品生成。

在一些实施方案中，所述已知癌症类型为食管癌、胰腺癌或胃癌。

在一些实施方案中，所述已知癌症类型为复发性或难治性食管癌、复发性或难治性胰腺癌、或复发性或难治性胃癌。

在一些实施方案中，所述已知癌症类型为转移性食管癌、转移性胰腺癌或转移性胃癌。

在一些实施方案中，所述机器学习方法采用选自以下的一项或多项的算法：主成分分析、逻辑回归分析、最近邻分析、支持向量机和神经网络模型。

在一些实施方案中，所述生成进一步包括使所述生物标志物与探针杂交并进行DNA测序反应，以对所述生物标志物的甲基化进行定量。

在一些实施方案中，所述生物样品包含循环肿瘤细胞。

在一些实施方案中，所述受试者为人。