[发明专利]一种基于Illumina测序平台的游离DNA文库构建用试剂盒及其应用在审
申请号: | 202110002457.6 | 申请日: | 2021-01-04 |
公开(公告)号: | CN112779315A | 公开(公告)日: | 2021-05-11 |
发明(设计)人: | 许明炎;张晓妮;李慧;周书雄 | 申请(专利权)人: | 深圳海普洛斯医学检验实验室 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C40B50/06;C12Q1/6869 |
代理公司: | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人: | 薛红凡 |
地址: | 518000 广东省深圳市南山区*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 illumina 平台 游离 dna 文库 构建 试剂盒 及其 应用 | ||
1.一种基于Illumina测序平台的游离DNA文库构建用试剂盒,其特征在于,包括末端修复和加A用酶组合物、末端修复和加A的缓冲液、连接酶、连接酶缓冲液、接头、PCR扩增反应混合液和引物。
2.根据权利要求1所述试剂盒,其特征在于,所述末端修复和加A用酶组合物包括T4多聚核苷酸激酶、T4 DNA聚合酶、Taq DNA聚合酶和Klenow片段;所述T4多聚核苷酸激酶的工作浓度为0.1~0.5U/μL;
所述T4 DNA聚合酶的工作浓度为0.04~0.1U/μL;
所述Taq DNA聚合酶的工作浓度为0.025~0.075U/μL;
所述Klenow片段的工作浓度为0.005~0.02U/μL。
3.根据权利要求1所述试剂盒,其特征在于,所述末端修复和加A的缓冲液包括Tris-HCl、MgCl2、DTT、ATP、dNTP、dATP、PEG 8000和水;
优选的,所述Tris-HCl的工作浓度为50~100mM;
所述MgCl2的工作浓度为10~20mM;
所述DTT的工作浓度为5~10mM;
所述ATP的工作浓度为2~5mM;
所述dNTP的工作浓度为0.1~1mM;
所述dATP的工作浓度为1~10mM;
所述PEG 8000的工作质量浓度为1%~10%。
4.根据权利要求1所述试剂盒,其特征在于,所述连接酶为T4 DNA连接酶;
所述T4 DNA连接酶的工作浓度为15~60U/μL。
5.根据权利要求1所述试剂盒,其特征在于,所述连接酶缓冲液包括Tris-HCl、MgCl2、DTT、ATP和PEG 8000;
优选的,所述Tris-HCl的工作浓度为30~100mM;
所述MgCl2的工作浓度为5~20mM;
所述DTT的工作浓度为0.5~2mM;
所述ATP的工作浓度为0.5~2mM;
所述PEG 8000的工作质量浓度为5%~15%。
6.根据权利要求1~5任意一项所述试剂盒,其特征在于,所述PCR扩增反应混合液为VAHTS HiFiAmplificationMix;
所述引物优选为UDI PrimerMix。
7.权利要求1~6任意一项所述试剂盒在DNA文库构建或高通量测序中的应用。
8.一种基于权利要求1~6任意一项所述试剂盒的DNA文库构建方法,其特征在于,包括以下步骤:
1)将血液样本提取的游离DNA与所述末端修复和加A用酶组合物、末端修复和加A的缓冲液混合进行末端修复和加A反应,得到末端修复和加A产物;
2)将所述末端修复和加A产物、接头、连接酶和连接酶缓冲液合进行连接接头,得到带接头产物;
3)将所述带接头产物纯化后,与PCR扩增反应混合液混合,用引物进行扩增,得到扩增产物,再次纯化,得到DNA文库。
9.根据权利要求8所述DNA文库构建方法,其特征在于,步骤1)中末端修复和加A反应的反应条件为先20~37℃保持10~20min,再70~75℃保持10~30min,4℃保存;
所述末端修复和加A反应的反应体系优选为50μL,包含1~100ng游离DNA、工作浓度的末端修复和加A用酶组合物和末端修复和加A的缓冲液。
10.根据权利要求8所述DNA文库构建方法,其特征在于,步骤2)中连接接头的反应条件先在20~25℃保持10~30min后再在4℃条件保存或16℃过夜;
步骤3)中所述扩增的反应条件优选为95~98℃保持45s~180s;95~98℃保持10~30s,55~60℃保持10~30s,70~75℃保持30~50s,4~12个循环;70~75℃保持5~10min;4℃保存。
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