[发明专利]用于检测核酸修饰的方法和系统

权利要求书

1.一种用于检测核酸分子的甲基化核苷酸的方法，包括：

(a)在足以将官能团连接至甲基化核苷酸的条件下，将核酸分子与甲基转移酶和包含官能团的S-腺苷-l-甲硫氨酸(SAM)类似物一起孵育；

(b)使核酸分子经受足以产生互补核酸分子的条件，所述互补核酸分子包含在对应于甲基化核苷酸的残基处的突变；和

(c)对互补核酸分子进行测序。

2.根据权利要求1所述的方法，其中甲基化核苷酸是甲基化腺苷。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述甲基化核苷酸是N⁶-甲基腺苷。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中官能团与SAM类似物的硫原子连接。

5.根据权利要求4所述的方法，其中SAM类似物具有式：

其中R包含官能团。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中官能团不是甲基。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中官能团具有至少两个碳原子。

8.根据权利要求7所述的方法，其中官能团是具有至少两个碳的烷基或具有至少两个碳的烯基。

9.根据权利要求8所述的方法，其中官能团是烯丙基基团。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述SAM类似物具有式：

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中在适当条件下，相对于未甲基化核苷酸，甲基转移酶能够优先将官能团连接至甲基化核苷酸。

12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中甲基转移酶是RNA甲基转移酶。

13.根据权利要求12所述的方法，其中RNA甲基转移酶是二甲基转移酶。

14.根据权利要求13所述的方法，其中二甲基转移酶是Dim1/KsgA二甲基转移酶。

15.根据权利要求14所述的方法，其中二甲基转移酶是Dim1或KsgA。

16.根据权利要求15所述的方法，其中二甲基转移酶是HsDim1、ScDim1或MjDim1。

17.根据权利要求16所述的方法，其中二甲基转移酶是MjDim1。

18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，还包括将核酸分子与双原子卤素分子一起孵育。

19.根据权利要求18所述的方法，其中将核酸分子与双原子卤素分子一起孵育是将来自双原子卤素分子的卤素原子连接至核苷酸。

20.根据权利要求19所述的方法，其中双原子卤素分子是碘(I₂)。

21.根据权利要求1-20中任一项所述的方法，其中(b)包括使核酸分子与逆转录酶(RT)进行逆转录反应以产生互补核酸分子。

22.根据权利要求21所述的方法，其中互补核酸分子是cDNA分子。

23.根据权利要求21或22所述的方法，其中RT是HIV RT或其变体、M-MuLV RT或其变体、AMV RT或其变体、Klentaq聚合酶或其变体或Bst聚合酶或其变体。