[发明专利]反式激活目的基因的同源基因的方法和诊断疾病的体外方法

权利要求书

1.一种反式激活至少一种目的基因的同源基因并任选失活至少一种目的基因的方法，其中由所述至少一种目的基因编码的mRNA与对照相比包含突变，

其中所述方法包括以下步骤:

-复合物的结合，所述复合物包括

天然或遗传修饰的DNA结合蛋白，

转录激活因子或转录因子的至少一个反式激活结构域，以及

至少一种引导RNA,

其中所述至少一种引导RNA与所述至少一种目的基因的同源基因的启动子区域结合，或者与调节由所述至少一种目的基因的同源基因编码的mRNA的表达的其他元件结合，

任选地，其中另一种引导RNA结合编码区、启动子区和/或调节由至少一种目的基因编码的mRNA表达的其它元件；

并且，

其中所述至少一种目的基因选自由如下组成的组：视蛋白基因、环核苷酸门控通道(CNG)基因、视黄醛特异性ATP结合盒转运蛋白(ABC转运蛋白)基因和肌球蛋白基因；

-诱导由所述至少一种目的基因的同源基因编码的mRNA的表达；

-任选地使由所述至少一种目的基因编码的mRNA的表达失活；和

-从而反式激活所述至少一个目的基因。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括诱导由所述至少一种目的基因的同源基因的mRNA编码的蛋白质的表达，并分析由所述mRNA编码的至少一种蛋白质的序列、表达水平、定位或功能。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少一种目的基因的同源基因选自由如下组成的组：ABCA1(SEQ ID NO:1)、ABCA2(SEQ ID NO:3)、ABCA7(SEQ ID NO:7)、ABCA12(SEQID NO:9)、ABCA13(SEQ ID NO:11)、CNGA1(SEQ ID NO:13)、CNGA2(SEQ ID NO:15)、CNGA3(SEQ ID NO:17)、CNGA4(SEQ ID NO:19)、CNGB1(SEQ ID NO:21)、CNGB3(SEQ ID NO:23)、MYO7B(SEQ ID NO:33)、MYO5A(SEQ ID NO:25)、MYO5B(SEQ ID NO:27)、MYO5C(SEQ ID NO:29)、MYO10(SEQ ID NO:35)、MYO15B(SEQ ID NO:39)、MYO15A(SEQ ID NO:37)、OPN1LW(SEQID NO:41)、OPN1MW(SEQ ID NO:43)和OPN1SW(SEQ ID NO:45)。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述天然或遗传修饰的DNA结合蛋白选自由如下组成的组：Cas酶；优选Cas9(SEQ ID NO:92)、dCas9-酶(SEQ ID NO:96、SEQ IDNO:97)、Cas12a(SEQ ID NO:93)或Cas12b(SEQ ID NO:94)；锌指核酸酶；和转录激活因子样核酸酶；

和/或其中转录激活因子或转录因子的至少一个反式激活结构域选自由如下组成的组：VPR(SEQ ID NO:89)、SAM(SEQ ID NO:90)、SunTag(SEQ ID NO:91)、VP64(SEQ ID NO:73)、p65(SEQ ID NO:74)、Rta(SEQ ID NO:75)及其组合；

优选地，其中所述天然或遗传修饰的DNA结合蛋白的核苷酸序列和所述转录激活因子或转录因子的至少一个反式激活结构域的核苷酸序列被分成两个分裂片段。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述天然或遗传修饰的DNA结合蛋白的核苷酸序列和所述转录激活因子或转录因子的至少一个反式激活结构域的核苷酸序列位于两个独立的质粒和/或载体上。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述方法还包括使用天然或工程化来源的重组AAV载体，优选具有视网膜细胞类型向性和增强的视网膜转导效率的AAV载体变体。