[发明专利]通过低深度基因组测序检测杂合性缺失的方法

权利要求书

1.检测来自个体的生物样品中杂合性缺失(AOH)，例如拷贝数中性杂合性丢失(CN-LOH)的方法，所述方法包括：

(i)接收来自所述生物样品的基因组DNA的低深度的序列读长；

(ii)将所述序列读长与人类基因组参照比对，并且基于比对的染色体和基因组坐标，选择并分选与所述人类基因组参照比对的序列读长；

(iii)鉴定比对的序列读长中的单核苷酸变异(SNV)，其中每个位点处的单核苷酸变异具有不同于所述人类基因组参照的对应位点处的碱基类型的突变碱基类型；

(iv)从步骤(iii)鉴定的SNV中鉴定纯合SNV、二倍体杂合SNV或非二倍体杂合SNV，其中

基于支持突变碱基类型的序列读长的百分比为100％来定义纯合SNV，所述突变碱基类型不同于所述人类基因组参照的对应位点处的碱基类型，

基于支持突变碱基类型的序列读长的百分比为不小于25％且不大于75％来定义二倍体杂合SNV，所述突变碱基类型不同于所述人类基因组参照的对应位点处的碱基类型，

基于支持突变碱基类型的序列读长的百分比为小于25％且大于0％或大于75％且小于100％来定义非二倍体杂合SNV，所述突变碱基类型不同于所述人类基因组参照的对应位点处的碱基类型；

(v)对于窗口，确定在步骤(iv)中鉴定的纯合SNV、二倍体杂合SNV或非二倍体杂合SNV的比率，其中纯合SNV、二倍体杂合SNV或非二倍体杂合SNV的比率代表所述窗口的纯合SNV、二倍体杂合SNV或非二倍体杂合SNV的数量与所述生物样品中全部窗口之间的纯合SNV、二倍体杂合SNV或非二倍体杂合SNV的平均数的比值；和

(vi)将由步骤(v)确定的各个窗口的纯合SNV、二倍体杂合SNV或非二倍体杂合SNV的比率与由对照群体建立的对应的各个窗口的纯合SNV、二倍体杂合SNV或非二倍体杂合SNV的平均比率进行比较。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述生物样品选自外周血、绒毛膜绒毛、羊水、脐带血、胎盘组织和来自器官的组织样品。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述个体是怀孕的女性、婴儿、患有癌症的个体，或怀疑患有癌症的个体。

4.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述序列读长是单端序列读长或双端序列读长。

5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述低深度基因组测序具有3-5乘测序深度(例如3乘测序深度)。

6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述人类基因组参照是GRCh37/hg19或GRCh38/hg38。

7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述比对步骤使用短寡核苷酸比对程序2(Short Oligonucleotide Alignment Program 2，SOAP2)或Burrows-Wheeler比对程序(BWA)和Bowtie2进行。

8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(ii)还包括移除由于聚合酶链反应(PCR)重复而导致的序列读长。

9.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(iii)还包括删除以下描述的位点：

(a)位点的最小读取深度由生物样品的最小读取深度确定；

(b)位点的最大读取深度由生物样品的最大读取深度确定；或

(c)没有序列读取支持突变碱基类型的位点。

10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(v)中的窗口具有固定长度，例如100kb。