[发明专利]抗C9ORF72寡核苷酸及相关方法

说明书

本公开内容提供了用于使C9ORF72转录物沉默的反义化合物、方法和组合物。本公开内容提供了用于在有此需要的对象中治疗、预防或减轻与C9ORF72相关的疾病、障碍和病症的反义化合物、方法和组合物。还考虑了用于制备用于治疗、预防或减轻与C9ORF72相关的疾病、障碍或病症的药物的反义化合物和方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2019年5月6日提交的美国临时申请序列号62/843,740的权益，其全部公开内容在此通过引用并入本文。

背景技术

肌萎缩侧索硬化(amyotrophic lateral sclerosis，ALS)是以局灶性无力开始并且通常在3至4年内导致几乎完全瘫痪和死亡的进行性、一致致命性的运动神经元疾病。约10％的病例是家族性的(FALS)。FALS的最常见原因是基因C9ORF72的第一内含子中六核苷酸重复基序的扩增。虽然正常个体的这些C₄G₂重复少于30个，但患有ALS的一些个体具有数百或甚至数干个这些重复。C9ORF72基因表达涉及三个前mRNA有义转录物(V1、V2、V3)。其中两个，V1和V3，涵盖扩增的六核苷酸重复，而V2则不包含。还存在由C9ORF72基因表达的反义转录物，其包含反义扩增重复。

这种内含子扩增不仅可导致ALS，还可导致额颞痴呆(fronto-temporaldementia，FTD)；这些病症可独立发生或一起发生。C9ORF72扩增也可导致其他神经表型。在美国，约40％的FALS病例由C9ORF72扩增引起。尚不清楚为什么该扩增是毒性的。可能的机制包括：(1)C9ORF72基因表达降低；(2)扩增重复区段聚集体形成，通常在细胞核内(RNA病灶)；(3)神经元和其他细胞类型的核膜中正常梯度的破坏；(4)所有可能的阅读框中扩增的六核苷酸基序的翻译，导致可检测水平的五种不同聚二肽的潜在毒性物质，包括甘氨酸-脯氨酸二肽重复蛋白(GP二肽重复蛋白)和精氨酸-脯氨酸二肽重复蛋白质(PR二肽重复蛋白)。至关重要的是，这些重复二肽由有义和反义转录物二者表达。本领域中存在对以下的需求：使毒性C9ORF72有义和反义转录物以及来源于C9ORF72有义和反义转录物的二肽重复蛋白的表达或活性有效地沉默或抑制。

发明概述

在一个方面中，本公开内容提供了反义寡核苷酸，其包含与或的C9ORF72反义转录物序列互补的区域。在一个实施方案中，反义寡核苷酸的长度为8至80个核苷酸。在另一个实施方案中，反义寡核苷酸的长度为10至30个核苷酸。

反义寡核苷酸可包含一个或更多个经修饰核苷酸。在一个实施方案中，一个或更多个经修饰核苷酸各自独立地包含核糖基团、磷酸基团、核碱基、或其组合的修饰。

核糖基团的每个修饰可独立地选自：2’-O-甲基、2’-氟、2’-H、2’-O-(2-甲氧基乙基)(MOE)、2’-O-烷基、2’-O-烷氧基、2’-O-烷基氨基、2’-NH₂或约束的核苷酸(constrainednucleotide)。约束的寡核苷酸可以是锁核酸(locked nucleic acid，LNA)、乙基-约束的核苷酸、2’-(S)-约束的乙基(S-cEt)核苷酸、约束的MOE、2’-O，4’-C-氨基亚甲基桥接核酸(2’，4’-BNA^NC)、α-L-锁核酸、三环-DNA、或其任意组合。在一个实施方案中，核糖基团的修饰是2’-O-(2-甲氧基乙基)(MOE)。

磷酸基团的每个修饰可独立地选自：硫代磷酸酯、膦酰基乙酸酯(phosphonoacetate，PACE)、硫代膦酰基乙酸酯(thiophosphonoacetate，thioPACE)、酰胺、三唑、膦酸酯或磷酸三酯修饰。在一个实施方案中，磷酸基团的修饰是硫代磷酸酯。

核碱基基团的每个修饰可以是2-硫尿苷、4-硫尿苷、N⁶-甲基腺苷、假尿苷、2，6-二氨基嘌呤、肌苷、胸苷、5-甲基胞嘧啶、5-取代的嘧啶、异鸟嘌呤、异胞嘧啶或卤代芳族基团。在一个实施方案中，核碱基基团的修饰是5-甲基胞嘧啶。