[发明专利]用于检测DNA中N-4-乙酰基脱氧胞苷的方法和试剂盒

权利要求书

1.一种用于获得含有N4-乙酰基脱氧胞苷(N4-acdC)的DNA片段群体的方法，所述方法包括：

(a)从样品中的DNA产生DNA片段；

(b)使所述DNA片段与N4-acdC结合剂接触；和

(c)使所述结合剂和所述DNA片段之间的复合物富集。

2.一种方法，包括：

a)提供包含核酸分子的样品；

b)使所述核酸分子中的N4-乙酰基脱氧胞苷(“N4-acdC”)残基转化为N4-乙酰基-3,4,5,6-四氢胞苷残基；

c)使所述N4-乙酰基-3,4,5,6-四氢胞苷残基脱乙酰化以产生亲核伯胺；

d)使所述亲核伯胺与标签缀合；

e)使用捕获分子从所述样品捕获附接于所述标签的核酸；

f)对捕获的核酸分子进行测序以产生包含测序读段的序列数据。

3.根据权利要求2所述的方法，其中将所述核酸分子中的N4-乙酰基脱氧胞苷(“N4-acdC”)残基转化为N4-乙酰基-3,4,5,6-四氢胞苷残基包括还原剂(例如，NaBH₄、LiBH₄、KBH₄、NBu₄BH₄、NaCNBH₃、BH₃-pyr)的使用。

4.根据权利要求2所述的方法，其中脱乙酰化是化学或酶促进行的。

5.根据权利要求2所述的方法，其中所述标签包括生物素或脱硫生物素。

6.根据权利要求2所述的方法，其中捕获分子包括抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白或中性抗生物素蛋白。

7.一种方法，包括：

(a)从包含核酸分子的样品制备第一等分试样和第二等分试样；

(b)在第一等分试样中，将核酸分子中的N4乙酰基脱氧胞苷(“N4-acdC”)残基转化为胞苷残基，以产生第一脱乙酰化等分试样；

(c)使所述第一脱乙酰化等分试样和所述第二等分试样中的核酸与N4-acdC结合剂接触；和

(d)使所述结合剂与在所述第一脱乙酰化等分试样和所述第二等分试样中包含N4-acdC残基的核酸分子之间的复合物富集，以产生富集的第一等分试样和第二等分试样；和

(e)分离富集的等分试样中的核酸。

8.根据权利要求2所述的方法，所述方法还包括：

(f)对来自两个富集的等分试样的分离的核酸分子进行测序，以产生包含测序读段的序列数据；

(g)测量来自每个富集的等分试样的作图到一个或多于一个遗传基因座的序列读段；

(h)鉴定其中来自所述第二等分试样的作图的序列读段的测量值大于来自所述脱乙酰化等分试样的作图的序列读段的测量值的一个或更多个遗传基因座，其中所述第二等分试样的作图的序列读段的测量值大于所述脱乙酰化等分试样的作图的序列读段的测量值处的遗传基因座表示所述样品中包含N4-acdC的核酸的基因座。

9.根据权利要求2所述的方法，其中转化包括用亲核试剂处理所述核酸。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述亲核试剂包括羟胺、氢氧化钠或NH₄OH/CH₃NH₂(氢氧化铵/含水甲胺或AMA试剂)试剂。

11.根据权利要求10所述的方法，其中NaOH还用作变性剂。

12.根据权利要求1和7所述的方法，其中用抗N4-acdC或抗N4-乙酰胞苷(“4N-AcC”)抗体来免疫沉淀所述核酸分子。