[发明专利]杂交全LNA寡核苷酸

权利要求书

1.一种用于选择和提供能够在0℃至40℃的温度在水溶液中形成具有5个至15个连续碱基对的反平行双链体的单链全LNA寡核苷酸的结合对的方法，所述方法包括以下步骤

(a)提供由5个至15个锁核酸(＝LNA)单体组成的第一单链(＝ss-)寡核苷酸，每个单体包含核碱基，所述第一ss-寡核苷酸的核碱基形成第一核碱基序列；

(b)提供由5个至15个LNA单体组成的第二ss-寡核苷酸，所述第二ss-寡核苷酸包括至少与所述第一ss-寡核苷酸数量相同的单体，所述第二ss-寡核苷酸的每个单体均包含核碱基，所述第二ss-寡核苷酸的核碱基形成第二核碱基序列，所述第二核碱基序列包含以反平行取向与所述第一核碱基序列互补的核碱基序列或由其组成并且预测所述第一和第二ss-寡核苷酸彼此形成反平行双链体的能力，所预测的双链体包括5个至15个连续碱基对或由其组成，其中每个碱基对的两个碱基彼此通过氢键结合；

(c)在水溶液中混合约等摩尔量的所述第一和第二ss-寡核苷酸，其中该步骤在非变性温度进行，更具体地在0℃至40℃的温度进行；

(d)将(c)的混合物孵育20分钟或更短的时间间隔，从而获得仍包含作为ss-寡核苷酸的所述第一和第二寡核苷酸的混合物，或获得包含作为双链体的所述第一和第二寡核苷酸或由其组成的混合物；

(e)在步骤(d)中获得的混合物中检测和定量ss-寡核苷酸和双链体寡核苷酸；接着是

(f)如果在步骤(e)中可检测到双链体存在，并且双链体的摩尔量高于ss-寡核苷酸的摩尔量，则选择所述结合对；

(g)任选地分别合成在步骤(f)中选择的结合对的所述第一和第二ss-寡核苷酸；

从而选择和提供所述单链全LNA寡核苷酸的结合对。

2.根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(e)之前，对步骤(d)中获得的所述混合物进行分离ss-寡核苷酸和双链体寡核苷酸的附加步骤。

3.根据权利要求1和2中任一项所述的方法，其中步骤(c)和(d)在非变性温度进行，具体地在选自由0℃至5℃、5℃至10℃、10℃至15℃、15℃至20℃、20℃至25℃、25℃至30℃、30℃至35℃和35℃至40℃组成的组的温度进行。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中在步骤(c)之前，将步骤(a)和(b)中任一步骤的每个ss-寡核苷酸保持在不存在变性条件的情况下。

5.根据权利要求4所述的方法，其中在步骤(c)之前，将步骤(a)和(b)中任一步骤的每个ss-寡核苷酸保持在-80℃至40℃，具体地0℃至40℃，更具体地25℃至37℃的温度在水溶液中。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中在步骤(d)中，所述时间间隔选自由1秒至20分钟、1秒至5分钟、1秒至60秒和1秒至30秒组成的组。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中步骤(c)和(d)在不存在能够将长度为20个碱基对且G+C含量为50％的DNA双链体的解链温度降低至少15℃的变性剂化合物的情况下进行，更具体地在不存在甲酰胺和二甲基亚砜中任一者的情况下进行。