[发明专利]用于分析核酸的方法和组合物

权利要求书

1.一种产生核酸文库的方法，包括：

组合(i)包含单链核酸(ssNA)的核酸组合物、(ii)第一寡核苷酸和(iii)多个第一支架多核苷酸种类，其中：

(a)所述多个第一支架多核苷酸种类中的每种多核苷酸都包含ssNA杂交区和第一寡核苷酸杂交区；

(b)所述核酸组合物、所述第一寡核苷酸和所述多个第一支架多核苷酸种类在以下条件下组合，在所述条件中，所述第一支架多核苷酸种类的分子与(i)第一ssNA末端区和(ii)第一寡核苷酸分子杂交，从而形成其中所述第一寡核苷酸分子的末端与所述第一ssNA末端区的末端相邻的杂交产物；和

(c)在所述组合之前或组合过程中，所述ssNA不与单链核酸结合蛋白(SSB)组合。

2.如权利要求1所述的方法，进一步包括在所述组合之前，在所述第一寡核苷酸和/或所述多个第一支架多核苷酸种类去磷酸化的条件下，使所述第一寡核苷酸和/或所述多个第一支架多核苷酸种类与包含磷酸酶活性的试剂接触，从而生成去磷酸化的第一寡核苷酸和/或去磷酸化的第一支架多核苷酸种类。

3.一种产生核酸文库的方法，包括：

在第一寡核苷酸和多个第一支架多核苷酸种类去磷酸化的条件下，使所述第一寡核苷酸和所述多个第一支架多核苷酸种类与包含磷酸酶活性的试剂接触，从而生成去磷酸化的第一寡核苷酸和多个去磷酸化的第一支架多核苷酸种类 ；和

组合(i)包含单链核酸(ssNA)的核酸组合物、(ii)所述去磷酸化的第一寡核苷酸和(iii)所述多个去磷酸化的第一支架多核苷酸种类，其中：

(a)所述多个第一支架多核苷酸种类中的每种多核苷酸都包含ssNA杂交区和第一寡核苷酸杂交区；和

(b)所述核酸组合物、所述去磷酸化的第一寡核苷酸和所述去磷酸化的多个第一支架多核苷酸种类在以下条件下组合，在所述条件中，所述第一支架多核苷酸种类的分子与(i)第一ssNA末端区和(ii)所述第一寡核苷酸分子杂交，从而形成其中所述第一寡核苷酸分子的末端与所述第一ssNA末端区的末端相邻的杂交产物。

4.如权利要求3所述的方法，其中在所述组合之前或所述组合过程中，所述ssNA不与单链核酸结合蛋白(SSB)组合。

5.如权利要求1-4中任一项所述所述的方法，进一步包括在组合之前，

在所述ssNA去磷酸化的条件下，使所述ssNA与包含磷酸酶活性的试剂接触，从而生成去磷酸化的ssNA；和

将第二寡核苷酸共价连接于所述ssNA的5′末端，其中(i)所述第二寡核苷酸在3′末端包含磷酸酯，和(ii)所述第二寡核苷酸的共价连接包括，在所述ssNA的5′末端共价连接至所述第二寡核苷酸的3′末端的条件下，使所述ssNA和所述第二寡核苷酸与包含单链连接酶活性的试剂接触。

6.如权利要求1-4中任一项所述所述的方法，进一步包括将所述核酸组合物与(iv)第二寡核苷酸和(v)多个第二支架多核苷酸种类组合，其中：

(c)所述多个第二支架多核苷酸种类中的每种多核苷酸都包含ssNA杂交区和第二寡核苷酸杂交区；和

(d)所述核酸组合物、所述第二寡核苷酸和所述多个第二支架多核苷酸种类在以下条件下组合，在所述条件中，所述第二支架多核苷酸种类的分子杂交至(i)第二ssNA末端区和(ii)所述第二寡核苷酸分子，从而形成其中所述第二寡核苷酸分子的末端与所述第二ssNA末端区的末端相邻的杂交产物。

7.如权利要求6所述的方法，进一步包括在所述组合之前，在所述第二寡核苷酸和/或所述多个第二支架多核苷酸种类去磷酸化的条件下，使所述第二寡核苷酸和/或所述多个第二支架多核苷酸种类与包含磷酸酶活性的试剂接触，从而生成去磷酸化的第二寡核苷酸和/或去磷酸化的第二支架多核苷酸种类。

8.如权利要求6或7所述的方法，其中在所述组合之前，使每个所述第一支架多核苷酸种类与第一寡核苷酸杂交以形成多个第一支架双链体种类，并且使每个所述第二支架多核苷酸种类与第二寡核苷酸杂交以形成多个第二支架双链体种类。