[发明专利]用于增强的淋巴细胞介导的免疫治疗的组合物和方法

说明书

公开了可用于免疫治疗的具有被抑制的自噬基因的淋巴细胞。淋巴细胞可表达抗原靶向受体，例如嵌合抗原受体(CAR)或者内源性或经改造T细胞受体，以靶向表达肿瘤特异性抗原的细胞。公开了制备和使用这样的淋巴细胞的方法。一些这样的淋巴细胞可用于进行CAR‑T或TCR‑T治疗。

相关申请的引用

本申请要求于2019年2月12日提交的美国临时专利申请No.62/804658的优先权和权益，其全部内容出于所有目的通过引用整体并入本文。

政府许可权

本发明部分地是在由美国陆军医学研究与发展部(U.S.Army Medical Researchand Development Command)授予的授权号(Award Number)W81XWH-18-1-0264下进行的基金号OC170169的政府支持下进行的。政府对本发明享有一定的权利。

技术领域

本发明的一些实施方案涉及作为免疫治疗剂的具有改善效力的经遗传改造的淋巴细胞。本发明的一些实施方案涉及修饰淋巴细胞的代谢以改善其作为免疫治疗剂的效力的方法和组合物。一些实施方案涉及用于对嵌合抗原受体T细胞(chimeric antigenreceptor T-cell，CAR-T)或者经改造或内源性T细胞受体T细胞(T cell receptor T-cell，TCR-T)中的自噬进行遗传操作以增强其针对癌症免疫治疗的有效性的方法。

背景技术

用抗原结合结构域，例如抗体单链可变片段(single chain variable fragment，scFv)改造CAR-T细胞以结合在肿瘤细胞的细胞表面上表达的抗原。在标准治疗中，将CAR构建体转导到自体CD3+T细胞中，体外扩增并随后输注到患者中。“新一代”CAR-T细胞包含与共刺激分子(例如CD28、41BBL和CD27)组合融合的经优化的CD3ζ信号传导结构域(3)。尽管存在这些修饰，CAR-T细胞在实体瘤中的持久性仍然很差。因此，除促存活信号之外的其他屏障控制CAR-T细胞在肿瘤微环境中的功能。

尽管进行了数十年的研究，针对卵巢癌的治疗并没有改善患者结局。高级别浆液性癌(high-grade serous carcinoma，HGSC)(最常见的组织类型)通常在3至4期疾病时被诊断出来，并且患者接受减积手术(debulking surgery)随后进行数轮化学治疗。4期疾病的5年存活率＜20％。虽然已经探究了疫苗、检查点阻断和T细胞治疗，但早期试验并未改善总体患者存活。然而，有明确的证据表明，肿瘤浸润淋巴细胞(tumor infiltratinglymphocyte，TIL)的存在和功能与存活的提高强烈相关，这意味着免疫系统对该疾病有益(4)。

叶酸受体(folate receptor，FR)以3种同种型α、β和γ存在，并在叶酸和叶酸盐摄取中发挥作用。已观察到αFR在卵巢癌、乳腺癌和肺癌中水平高，但在正常组织中水平低(5)。在一项试验中，接受有或没有IL-2的αFR-CAR-T细胞输注的14名卵巢癌患者没有表现出临床应答的证据，尽管治疗具有良好的耐受性。作者使用放射性标记示踪剂成像得出结论：αFR-CAR-T细胞在输注之后不久就不能够持续存在(2)。因此，目前在卵巢癌中使用αFR-CAR-T的方法并不成功，部分是由于输注之后细胞缺乏持久性。然而，这项工作为αFR-CAR-T治疗提供了确定的安全谱。

制备CAR-T细胞需要专用的基础设施，患者必须在T细胞输注之前经历淋巴细胞耗竭(lymphodepletion)，并且可出现急性的危及生命的不良免疫事件。此外，CAR-T细胞在实体瘤中已显示出效力有限(6)。解释对于实体瘤缺乏观察到的效力的一种可能性是肿瘤生态系统由于迅速增殖的肿瘤细胞的高代谢需求而施加的代谢屏障。最终，这可导致T细胞功能和持久性的丧失。因此，似乎代谢可显著影响T细胞行为，这为修饰T细胞代谢并在实体癌症中实现更好的治疗成功提供了独特的机会。