[发明专利]水稻1K SNP-Panel的开发方法与育种应用在审
| 申请号： | 202011610214.2 | 申请日： | 2020-12-29 |
| 公开（公告）号： | CN112941216A | 公开（公告）日： | 2021-06-11 |
| 发明（设计）人： | 张毅;王博;李娟娟;王娟;张倩;柳依 | 申请（专利权）人： | 武汉基诺赛克科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;A01H1/04 |
| 代理公司： | 郑州欧凯专利代理事务所(普通合伙) 41166 | 代理人： | 王志兴 |
| 地址： | 湖北省武汉市洪山区珞狮路322号湖北*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 水稻 snp panel 开发 方法 育种 应用 | ||
1.水稻1K SNP-Panel的开发方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)获取需检测的水稻DNA样品，包括提取干种子、幼嫩茎段、叶片、幼穗老叶、发芽幼苗中的DNA；
(2)通过全基因组重测序鉴定到的大量SNP标记；
(3)挑选出1253个SNP标记；
(4)针对每一个SNP标记设计一对相对应的特殊的特异性引物；
(5)将1253个SNP标记进行组合，构成一个基因Panel；
(6)使用步骤(4)中的特异性引物扩增目标SNP标记位点，然后添加测序接头，完成二代测序文库的构建；
(7)质控与定量，包括采用实时荧光定量PCR和Agilent 2100；
(8)在illumina测序仪上完成PE150测序获得序列数据；
(9)通过专门开发的软件“GKPanel”，自动化分析数据，获取所标记的各位点的基因型。
2.根据权利要求1所述的水稻1K SNP-Panel的开发方法，其特征在于，步骤(3)所述1253个SNP标记，为均匀覆盖水稻全基因组位点的SNP标记。
3.根据权利要求1所述的水稻1K SNP-Panel的开发方法，其特征在于，步骤(4)所述针对每一个SNP标记设计一对相对应的特殊的特异性引物，为每一个SNP标记仅对应1个正向引物和一个反向引物，且所有1253个SNP的所有引物间无重复。
4.根据权利要求2所述的水稻1KSNP-Panel的开发方法，其特征在于，所述1253个SNP标记可以依据育种的个性化需求，自由组合、选择。
5.根据权利要求1所述的水稻1K SNP-Panel的开发方法，其特征在于，步骤(5)所述构成基因Panel的1253个SNP标记引物序列为ID号P0001至P1253的Fprimer和Rprimer。
6.根据权利要求1所述的水稻1K SNP-Panel的开发方法，其特征在于，所述检测的特征在于可以同时检测10000个DNA样品。
7.水稻1KSNP-Panel的育种应用，其特征在于，可用于以下任一应用或应用组合：
(1)在水稻育种过程中鉴定各项指标的表型中的应用；
(2)在水稻种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种中的应用；
(3)在水稻分子设计育种中的应用。
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