[发明专利]一种COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂的筛选方法、其筛选的活性分子及用途

权利要求书

1.一种COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂的筛选方法，其特征在于，其包括以下步骤：

步骤1、从数据库获取COVID-19棘突状蛋白与人血管紧张素转化酶2共晶的三维结构；

步骤2、从中药材活性成分数据库获取中药材的活性分子及其衍生物，构建小分子的化合物库；

步骤3、根据步骤1)获得的三维结构中COVID-19棘突状蛋白与人血管紧张素转化酶2的氢键相互作用，以COVID-19棘突状蛋白为靶标蛋白，基于人血管紧张素转化酶2与COVID-19棘突状蛋白的结合特征，建立药效团模型，其中，基于人血管紧张素转化酶2的第24位氨基酸Gln24、第30位氨基酸Asp30、第34位氨基酸His34、第42位氨基酸Gln42、第83位氨基酸Tyr83、第353位氨基酸Lys353和第355位氨基酸Asp355，利用Discovery Studio手动生成药效团模型，所述的药效团模型包含两个氢键供体特征和六个氢键受体特征；

步骤4、采用有步骤3)中构建的药效团模型作为查询式，对步骤2)中构建的小分子化合物库进行基于匹配度值的筛选，选取归一化匹配值大于0.35的小分子化合物，作为潜在的COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂。

2.根据权利要求1所述的COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂的筛选方法，其特征在于，在步骤3)中，所述的药效团模型的两个氢键供体特征和六个氢键受体特征具体为：

基于Gln24的酰胺氮原子为氢键供体药效团特征点中心，以与之成氢键的hACE2的Asn487的酰胺羰基氧为另一特征点中心，建立包含两个特征点和一个矢量方向的氢键供体；

基于Asp30的羧酸羰基氧为氢键受体药效团特征点中心，以与之成氢键的hACE2的Lys417的氨基氮为另一特征点中心，建立包含两个特征点和一个矢量方向的氢键受体；

基于His34的咪唑芳香氮为氢键受体药效团特征点中心，以与之成氢键的hACE2的Tyr453的羟基氧为另一特征点中心，建立包含两个特征点和一个矢量方向的氢键受体；

基于Gln42的酰胺羰基氧为氢键受体药效团特征点中心，以与之成氢键的hACE2的Tyr449的羟基氧为另一特征点中心，建立包含两个特征点和一个矢量方向的氢键受体；

基于Tyr83的羟基氧为氢键受体药效团特征点中心，以与之成氢键的hACE2的Asn487的氨基氮和Tyr489的羟基氧的中间点为另一特征点中心，建立包含两个特征点和一个矢量方向的氢键受体；

基于Lys353的羰基氧为氢键受体药效团特征点中心，以与之成氢键的hACE2的Gly502的氨基氮为另一特征点中心，建立包含两个特征点和一个矢量方向的氢键受体；

基于Lys353的氨基氮为氢键供体药效团特征点中心，以与之成氢键的hACE2的Gly496的羰基氧为另一特征点中心，建立包含两个特征点和一个矢量方向的氢键供体；

基于Lys355的羧酸羰基氧为氢键受体药效团特征点中心，以与之成氢键的hACE2的Thr500的羟基氧为另一特征点中心，建立包含两个特征点和一个矢量方向的氢键受体。

3.根据权利要求1或2所述的COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂的筛选方法，其特征在于，在步骤4)中，采用软件Discovery Studio中的Pharmacophores模块下的LigandPharmacophore Mapping进行筛选。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂的筛选方法，其特征在于，在步骤4)中，选取归一化匹配值大于0.39的小分子化合物，作为潜在的COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂；更优选地，选取归一化匹配值大于0.4的小分子化合物，作为潜在的COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂的筛选方法，其特征在于，在步骤4)筛选后，还包括：

步骤5、对步骤4)中获得的潜在的COVID-19棘突状蛋白的小分子抑制剂进行验证。