[发明专利]一种DNA同源重组异常的检测方法及其应用

权利要求书

1.一种DNA同源重组异常的非诊断检测方法，其特征在于，所述检测方法包括：

（1）SNP位点筛选；

（2）为筛选到的SNP位点设计捕获探针；

（3）基因组DNA提取和文库构建；

（4）文库靶向富集；

（5）高通量测序并分析测序数据；

其中步骤（5）包括数据质控、数据比对和点突变识别；

点突变识别包括（a）利用已有的SNP数据库，建立相关性模型，产生重校准表，输入已知的多态性位点数据库，屏蔽不需要重校准的部分；（b）使用模型对原始碱基进行调整，仅调整非已知SNP区域；(c)功能识别SNP和InDel；（d）以Kolmogorov-Smirnov检验检测样本与对照样本位点突变频率分布差异来评估HRD状态；

其中步骤（1）中的SNP位点筛选包括从一个或多个人群中基因组数据库中按照以下规则筛选SNP：

A．剔除Y染色体和线粒体SNP，过滤次等位基因频率（MAF）小于5%的SNP；

B. 过滤显著偏离Hardy-Weinberg equilibrium的SNP；

C. 过滤Insertion和Deletion；

D. 筛选位点上下游75bp范围内不包含重复区域的SNP；

E. 筛选位点上下游75bp范围内序列与人类基因组其它区域无同源性的SNP；

F. 间隔30KB，在间隔点2KB范围内筛选GC含量最接近0.5的SNP；

其中步骤（2）中的SNP位点设计捕获探针包括：从SNP位置前后延伸75bp，提取每个位点的参考序列，去掉重复区域的序列，其中重复序列采用RepeatMask软件分析得到；从第一个碱基开始截取78bp的序列做探针，再一次往后移动 n 个碱基，截取78bp的序列做探针，直到最后一个78bp；每个区域根据外显子的GC含量不同变化n。

2.根据权利要求1所述的检测方法，其中评估HRD状态使用scarHRD的R包。