[发明专利]与肺癌疗效相关的SNP位点、引物组、试剂盒及应用

说明书

本发明适用于生物基因技术领域，提供了一种与肺癌疗效相关的SNP位点、引物组、试剂盒及应用，该SNP位点包括PARP1基因的rs17573756位点和/或XRCC3基因的rs7142555位点。另外，本发明提供的如序列表SEQ ID NO:3～6所示引物组可以特异、高效检测出rs17573756和rs7142555多态性位点。本发明通过检测SNP位点rs17573756和rs7142555的基因分型结果，可以对非小细胞肺癌疗效进行判定，从而有利于预测肺癌疾病的疗效。

技术领域

本发明属于生物基因技术领域，尤其涉及一种与肺癌疗效相关的SNP位点、引物组、试剂盒及应用。

背景技术

随着工业的发展和环境污染的日趋严重，我国肺癌发病率和死亡率逐年上升，严重危害人们的身心健康，其中非小细胞肺癌(Non Small Cell Lung Cancer,NSCLC)约占80％。NSCLC起病隐匿，早期无明显特异性症状，使得75％以上的NSCLC患者在确诊时已属中、晚期，无法依靠定量某些肿瘤组织RNA水平和蛋白表达水平来预测疗效和预后。

自从Rosenberg等人首次发现铂类药物的抗肿瘤活性后，铂类药物的研究得到迅速发展，铂类药物通过细胞膜上的铜转运蛋白CTR1发挥作用。铂类药物进入人体细胞后与DNA链上的碱基形成交叉联结，生成DNA加合物，从而起到破坏肿瘤细胞DNA结构和功能的作用。铂类药物发挥抗肿瘤作用机制的主要途径是其可与很多胞内物质结合，限制DNA的解旋从而抑制DNA的复制，其中大部分结合物能够产生细胞毒性或者毒副作用。

Regulome DNA是在细胞内能调节基因、mRNA、蛋白质和代谢产物等重要调控成分的DNA序列，包括转录因子结合位点(Tanscription factor binding site)、表达数量性状基因座(expression Quantitative Trait Loci,eQTL)、转录因子识别序列(Tanscriptionfactor motif)、脱氧核糖核酸酶足迹(DNase footprint)和DNase峰(DNase peak)等，在细胞的新陈代谢、发育、病理和组织演化等过程中起关键作用。

Regulome-DB是一个整合的庞大数据库，包括ENCODE研究数据、高通量测序数据、计算机预测软件数据和其他重要实验研究来源的数据等。Regulome-DB作为一个新技术，预测单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)位点是否可影响转录因子的调控作用以及基因表达，并根据其作用程度对功能性SNP进行排序，分为I-VI量级(数值越小，SNPs影响转录因子和基因表达可能性越大。因此，利用Regulome-DB筛选功能性基因帮助研究者找到疾病相关性基因及其功能对疾病的精准诊断具有重要作用。到目前为止，利用该数据库研究功能性SNP与疾病相关性还处于肺癌研究领域。

发明内容

本发明实施例的目的在于提供一种与肺癌疗效相关的SNP位点，旨在解决背景技术中提出的问题。

本发明实施例是这样实现的，一种与肺癌疗效相关的SNP位点，其包括PARP1基因的rs17573756位点和/或XRCC3基因的rs7142555位点。

作为本发明实施例的一个优选方案，所述rs17573756位点的周围的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1所示，其中s碱基为G或C。

作为本发明实施例的另一个优选方案，所述rs7142555位点的周围的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:2所示，其中k碱基为G或T。

本发明实施例的另一目的在于提供一种用于检测上述的SNP位点的引物组，其包括rs17573756位点的检测引物对和/或rs7142555位点的检测引物对；

其中，所述rs17573756位点的检测引物对包括：