[发明专利]用于鉴别驴种的一组SNP标记及其引物组与试剂盒

说明书

本发明涉及生物信息测定领域，涉及用于鉴别驴种的一组SNP标记及其引物组与试剂盒，具体涉及一种用于驴的SNP标记及用途，尤其涉及一种用来扩增所述SNP标记的引物组、试剂盒、基因分型的方法、基因分型的系统，本发明提供的引物对可以同时实现基因座的共扩增，能够同时实现各基因座的多重PCR扩增。SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:20中含有10对引物，分别对应S01~S10。当不同的引物组上连接有不同的可检测标记时，通过检测相应的标记，来反映不同的SNP位点的情况；可用于驴个体识别和亲缘鉴定的方法和设备。

技术领域

本发明涉及生物信息测定领域，涉及用于鉴别驴种的一组SNP标记及其引物组与试剂盒，具体涉及一种用于驴的SNP标记及用途，尤其涉及一种用来扩增所述SNP标记的引物组、试剂盒、基因分型的方法、基因分型的系统，可用于驴个体识别和亲缘鉴定的方法和设备。

背景技术

对于驴的个体识别和亲权鉴定，有微卫星标记识别系统、基因座识别系统等。其中，沈阳农业大学曾针对2017年国际动物遗传学协会推荐的13个双核苷酸微卫星位点构建过驴微卫星13重PCR体系。所述13个双核苷酸微卫星位点（AHT4、ASB23、HMS2、HMS3、HMS6、HMS7、HMS18、HTG7、HTG10、TKY297、TKY312、TKY337和TKY343）可用于驴的个体识别和亲子鉴定研究。而微卫星识别遗传多态性结果较差，累积个体识别率差，分型结果多出现非特异性峰。SNP具有扩增检测片段短和突变率低等优点，从而使之成为现有微卫星检测方法的有力补充。SNP在基因组中分布相当广泛，近来的研究表明在人类基因组中每300碱基对就出现一次。大量存在的SNP位点，使人们有机会发现与各种疾病，包括肿瘤相关的基因组突变；从实验操作来看，通过SNP发现疾病相关基因突变要比通过家系来得容易。实际上，SNP位点在个体识别领域也具有十分良好的应用前景。

本发明的发明人在调研过程中发现，目前还存在针对动物的面部识别系统，用于动物的个体识别。用于动物的面部识别系统需要以多角度面部照片为基础，但动物的配合度低，一般情况下处于躺着或者眯眼状态，进行面部数据录入的过程需花费大量时间。实际上，同种动物的个体间差异甚至难以靠肉眼进行区分，且其外表还易受生活环境和活动的影响，这些都会对面部识别造成不小的干扰。

发明内容

针对现阶段驴种鉴别上存在的问题，如何突破现有驴个体识别方法的局限性，本发明提供了一种痕量样本条件下准确率更高，速度更快，操作更简便的新型个体识别方法，SNP标记鉴别方法，将其用于驴的个体识别过程中，在个体出生时就可以检测，并且终生不变，不受性别、年龄、疾病、环境等因素影响，准确率高且不受样本数量限制。同时本发明还提供SNP标记的引物组与试剂盒。

本发明的技术方案如下：

用于鉴别驴种的一组SNP标记，所述的SNP标记包括S01、S02、S03、S04、S05、S06、S07、S08、S09、S10中的一种、两种或者多种；所述的SNP标记如下：

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所在染色体为SNP标记所在的染色体位置，重复单元以及重复单元长度为每个SNP位点的重复单元以及每个重复单元的长度，碱基位点为变异位点在驴的参考基因组种的位置；参考碱基为染色体上面的碱基，突变碱基为与参考碱基的序列比，发生突变的碱基。

用于鉴别驴种的一组SNP标记在驴的个体识别上的应用。

上述用于鉴别驴种的一组SNP标记的引物组，所述引物组适于特异性扩增本SNP标记中的至少之一的序列；所述引物组为SNP位点的至少之一的核心序列两端250bp以内的保守序列设计而成；所述引物组中的至少一个引物上连接有可检测标记。

上述用于鉴别驴种的一组SNP标记的引物组，所述的引物组如下：

优选地，所述可检测标记为荧光标记。