[发明专利]针对靶向药物达拉菲尼、派姆单抗、威罗菲尼、司美替尼的多肽疫苗组合及其设计方法

权利要求书

1.针对靶向药物达拉菲尼、派姆单抗、威罗菲尼、司美替尼的多肽疫苗组合，其特征在于，达拉菲尼的多肽疫苗组合针对如下突变：MAP2K1-P124S，MAP2K2-Q60P，NRAS-G12D，NRAS-Q61R；

MAP2K1-P124S的序列为：LQVLHECNSSYIVGFYGAFYKK；

MAP2K2-Q60P的序列为：KKRLEAFLTPKAKVGELK；

NRAS-G12D的序列为：YKLVVVGADGVGKSAL；

NRAS-Q61R的序列为：CLLDILDTAGREEYSAMRDQYKKK；

派姆单抗的多肽疫苗针对如下突变：NRAS-Q61R；

NRAS-Q61R的序列为：CLLDILDTAGREEYSAMRDQYKKK；

威罗菲尼的多肽疫苗组合针对如下突变：MAP2K1-G128V，MAP2K1-P124L，MAP2K1-Q56P，NRAS-Q61R；

MAP2K1-G128V的序列为：LHECNSPYIVVFYGAFYSDGEKK；

MAP2K1-P124L的序列为：ELQVLHECNSLYIVGFYGAFYKKK；

MAP2K1-Q56P的序列为：RKRLEAFLTPKQKVGELK；

NRAS-Q61R的序列为：CLLDILDTAGREEYSAMRDQYKKK；

司美替尼的多肽疫苗针对如下突变：MAP2K1-P124L；

MAP2K1-P124L的序列为：ELQVLHECNSLYIVGFYGAFYKKK。

2.针对靶向药物达拉菲尼、派姆单抗、威罗菲尼、司美替尼的多肽疫苗组合的设计方法，其特征在于，包括如下步骤：

寻找靶向药物耐药突变数据的数据；

截取耐药突变多肽序列及预测MHC分子亲和力及免疫原性：

对于点突变截取覆盖突变位点上下游16个氨基酸的多肽序列，对于移码突变截取向前延伸16个长度的氨基酸、向后延伸直到终止密码子的多肽序列作为耐药突变位点的突变型多肽，同时截取相应位置对应的野生型多肽序列，

用至少一个数据库作为来源统计高频HLA分型及频率，将统计出的HLA合并去重之后作为用于预测的候选HLA分型，

使用多款软件分析这些突变位点对应的多肽与HLA分子结合亲和力，综合多款软件将亲和力分为三类：强亲和力-SB、弱亲和力-WB和无亲和力，并与相对野生型多肽比较确定其亲和力变化，

A类变化为由无亲和力变为有强亲和力，

B类变化为由无亲和力变为弱亲和力，

C类变化为由弱亲和力变为强亲和力，

D类变化为无变化，

内部排序认为A类优于B类优于C类优于D类，

使用免疫原性预测工具预测其免疫原性，保留突变型多肽亲和力强、亲和力变化大并且免疫原性强的表位；

靶向药物与耐药位点相互关系及药物聚类：

对耐药位点亲和力打分：

综合考虑位点有亲和力的表位个数及各表位亲和力变化大小，对A、B、C、D四类不同亲和力变化给予相对应的权重，根据每个表位对应的HLA频率大小给予权重,将位点的各表位累加求和；

AC：亲和力变化大小，A、B、C、D四类不同亲和力变化给予不同的权重；

F_hla：对应的HLA频率；

n：位点的各表位个数；

综合分析靶向药物和耐药位点间相互关系结合靶向药物作用机制对靶向药物聚类从而将其分为7类：

第一类针对SMO突变产生耐药的Hedgehog信号通路拮抗剂维莫德吉，

第二类针对BTK突变产生耐药的依鲁替尼，

第三类针对AR耐药突变的一些抗雄激素类药物如阿比特龙等，

第四类针对BRAF耐药突变的一些菲尼类药物，

第五类针对ALK、MET等融合基因的一些络氨酸激酶抑制剂，

第六类针对EGFR通路的络氨酸激酶抑制剂，

第七类针对PI3K/AKT/mTOR通路的依维莫司等激酶抑制剂；

设计相对应的疫苗多肽序列。