[发明专利]一种定量检测长双歧杆菌菌株的方法

说明书

本发明公开了一种定量检测长双歧杆菌菌株的方法，属于微生物技术领域。本发明提供了一种操作简单(可避开大量电泳实验)、可有效克服无法获取大规模细菌纯培养物难题且获得置信区间宽的可用于筛选和/或鉴定长双歧杆菌菌株的特异性基因的方法，有别于传统电泳方法(在有限可得到的细菌菌株纯培养物的范围内，识别菌株特异性序列)，本发明的方法采用群体基因组学概念，获取公共数据库几百株测序长双歧杆菌基因组信息，采用生信方法，获得置信区间更宽的“菌株特异性”序列，且节省大量时间、工作量和成本。

技术领域

本发明涉及一种定量检测长双歧杆菌菌株的方法，属于微生物技术领域。

背景技术

肠道共生菌对人类健康发挥着至关重要的作用，它们中的大多数对宿主有益。双歧杆菌，被认为是宿主肠道的早期“定殖者”，被广泛证明对宿主具有健康促进作用(Frontiers in microbiology,2016,7:1204)。然而，这种益生作用背后的机制还未被阐明。许多双歧杆菌种在肠道中的丰度在不同膳食(Applied and environmentalmicrobiology,2015,81(7):2455-2465；mBio,2017,8(1):e02348-16)、不同年龄层(Cellhostmicrobe,2015,17(5):690-703；BioMed Central,2014,13(S1):S4)、不同生理状态(Cell hostmicrobe,2014,15(3):382-392；Nature,2010,464(7285):59-65)的宿主个体间差异巨大。其中，长双歧杆菌是一个例外，它是人类肠道核心微生物组的成员(Nature,2013,493(7430):45-50)，是不同年龄阶段宿主肠道双歧杆菌属中丰度最具优势的物种(Frontiers in microbiology,2016,7:1204)，在宿主各个年龄阶段均广泛分布(Scientific reports,2018,8(1):85)，并且是少数可以在宿主肠道中稳定定殖长达数年的物种(Science,2013,341(6141))，这使得长双歧杆菌成为可代表宿主-微生物共进化的标志物种。

相比“过路菌”，具有肠道优良定殖能力的益生菌与免疫系统、宿主粘膜、上皮细胞以及土著菌群的联系更为紧密，可能发挥更优的益生功能。然而，受限于菌株水平上定量检测的技术壁垒，益生菌的肠道定殖机制一直未得到深入解析。考虑到肠道菌群中可能存在同摄入的益生菌菌株基因背景接近的种属，目前常用的平板计数和种水平PCR等定殖检测方法，均无法实现准确检测摄入益生菌定殖量的目的(Clinical Nutrition,2019,39(5),1315-1323)，因此，开发针对益生菌的菌株水平上的检测和定量方法，对于评价菌株的肠道定殖能力，继而进一步理解其益生功能性以及相关机制显得尤为必要。