[发明专利]一种用于表征肺腺癌气阴两虚证的肠道菌群组合及筛选及模型建立方法

权利要求书

1.一种用于表征肺腺癌气阴两虚证的肠道菌群组合，其特征在于，所述的肠道菌群组合在属水平上的分布前6位的是拟杆菌属(Bacteroides)，粪杆菌属(Faecalibacterium)，双歧杆菌属(Bifidobacterium)，普氏菌属(Prevotella_9)，大肠志贺氏杆菌属(Escherichia-Shigella)和链球菌属(Streptococcus)。

2.根据权利要求1所述的用于表征肺腺癌气阴两虚证的肠道菌群组合，其特征在于，所述的肠道菌群组合中，运用LEfSe(LDA Effect Size)分析方法在属水平上筛选得到两个特别显著的为普氏菌属(Prevotella_9)和链球菌属(Streptococcus)。

3.一种表征肺腺癌气阴两虚证的肠道菌群组合的筛选方法，其特征在于运用16s-RNA测序(16S ribosomal RNA sequencing)方法测序，并通过宏基因组学方法加以验证，包括如下步骤：

1)、获取样本的新鲜粪便样本；

2)、微生物总DNA的提取；

3)、PCR扩增、定量后在Illumina NovaSeq平台上进行测序；

4)、生物信息分析；

5)、筛选肠道菌群：于属水平上根据表达丰度依次筛选得到前6位的是拟杆菌属(Bacteroides),粪杆菌属(Faecalibacterium)，双歧杆菌属(Bifidobacterium)，普氏菌属(Prevotella_9)和大肠志贺氏杆菌属(Escherichia-Shigella)和链球菌属(Streptococcus)；

6)、筛选特别显著的肠道菌群组合：运用LEfSe(LDA Effect Size)分析方法在属水平上筛选得到两个特别显著的为普氏菌属(Prevotella_9)和链球菌属(Streptococcus)，其AUC值分别为0.725和0.756，并建立用于表征肺腺癌气阴两虚证的逻辑斯蒂(Logistic)回归模型，其AUC值为0.801；

7)、运用宏基因组学的结果带入逻辑斯蒂(Logistic)回归模型进行验证，其AUC值为0.842，普氏菌属(Prevotella_9)和链球菌属(Streptococcus)其AUC值分别为0.801和0.702。

4.根据权利要求3所述的表征肺腺癌气阴两虚证的肠道菌群组合的筛选方法，其特征在于，其特征在于步骤1)-4)具体包括如下步骤：

1)、获取样本的新鲜粪便样本：清晨收集新鲜粪便5-10g放入采样管中，盖紧，液氮速冻，置于冰箱保藏；

2)、微生物总DNA的提取：常温解冻、经E.Z.N.A. DNA试剂盒提取微生物总DNA，通过琼脂糖凝胶电泳检测DNA提取质量，采用紫外分光光度计对DNA进行定量；

3)、PCR扩增、定量后在Illumina NovaSeq平台上进行测序：PCR扩增，使用靶向区引物对DNA样品进行测序，扩增文库的大小和数量分别在Agilent 2100生物分析仪和Illumina定量试剂盒(Kapa Biosciences)进行评估，在Illumina NovaSeq平台上进行测序；

4)、生物信息分析：使用SILVA数据库和NT-16S进行序列的物种注释，使用QIIME2计算α和β多样性，使用PICRUSt(v1.1.2)进行功能分析。

5.根据权利要求3所述的表征肺腺癌气阴两虚证的肠道菌群组合的筛选方法，其特征在于：

所述的步骤6)中，筛选显著的肠道菌群通过：运用LEfSe(LDA Effect Size)分析方法加以筛选，设定P0.01和LDA值3.0。

6.一种运用肠道菌群表征肺腺癌气阴两虚证的模型建立方法，其特征在于，使用普氏菌属(Prevotella_9)和链球菌属(Streptococcus)的相对丰度作为自变量，建立逻辑斯蒂(Logistic)回归模型：

其中Y为逻辑斯蒂的运算值，e为自然对数；

该模型发现组的AUC值为0.801，宏基因验证组的AUC值为0.842。