[发明专利]用于评估组织免疫反应和诊断预后的DNA甲基化检测试剂盒

说明书

本发明公开了用于评估组织免疫反应和诊断预后的DNA甲基化检测试剂盒。发明人研究发现使用CpG位点cg02430840、cg06113913和cg12673499中的至少1个可以可靠地评估组织免疫反应和诊断预后，特别是CRC中CD8+ TILs水平及其预后。有望成为CD8+ TILs的研究工具，以及成为指导结直肠癌和其他癌症免疫治疗的潜在标志物。

技术领域

本发明涉及医疗及生物领域，具体涉及可用于确定组织免疫反应，特别是肿瘤样本中CD8+ T细胞丰度的DMPs及其应用。

背景技术

肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)与肿瘤免疫反应相关，可用于预测免疫治疗的反应和生存结果^9-11，其中CD8+ TILs依靠细胞毒作用杀伤癌细胞，并影响CRC的预后、免疫治疗反应和生存结果^12-14。包括来自国际TILs工作组的建议¹⁵和免疫评分¹⁶等多种基于形态学评估TILs水平的方法已经建立并被广泛验证。

目前对CD8+ TILs的评估依赖于组织病理学方法，其过程繁琐且可重复性欠佳，存在一定的局限性。一些基于CD8B等基因表达的标志物是评估CD8+ TILs的方法^17-19。DNA甲基化在组织分化中起着重要作用，特别是低CpG密度区域内的CpG位点、部分甲基化结构域（PMDs）和solo-WCGW的甲基化，在发明人的研究过程中被鉴定为更为重要的甲基化区域。这些区域在人基因组中分布非常广泛，然而，目前对其功能研究尚未成熟，相关的报导较少。本发明涉及的CD8+ T细胞特异性甲基化位点（differentially methylated positions，DMPs)即位于此区域。

结直肠癌(CRC)是全球癌症相关死亡的主要原因之一^1，2。免疫治疗在可手术切除和不可切除的CRC患者治疗中发挥着越来越重要的作用³。免疫检查点抑制剂可以促进T细胞攻击肿瘤细胞，延长病人的生存时间^4-6。同时，CRC的免疫治疗仍具有挑战性，因为其免疫反应具有异质性^7，8。

可靠地评估肿瘤或其他免疫相关疾病中CD8+ TILs水平及其预后，有利于指导肿瘤及其他免疫相关疾病，如结直肠癌和其他癌症的免疫治疗，提高病人的生存质量或疗效。

发明内容

本发明的目的在于提供一种可以有效评估肿瘤及其他免疫相关疾病中CD8+ T细胞丰度的CD8+ T细胞特异性甲基化位点（DMPs)组及其应用。

本发明所采取的技术方案是：

本发明的第一个方面，提供：

可用于确定免疫相关疾病样本中CD8+ T细胞丰度的CD8+ T细胞特异性甲基化位点DMPs组，所述CD8+ T细胞特异性甲基化位点DMPs组至少含有cg02430840（chr22:26993176）、cg06113913(chr4: 84060418)和cg12673499(chr10: 104412063)中的一个，两个或三个CpG位点。

通过使用2个或3个CpG位点，可以获得更为准确的评价结果。

在一些实例中，所述免疫相关疾病选自肿瘤、克罗恩病、溃疡性结肠炎、COVID-19。

在一些实例中，所述肿瘤选自结直肠癌、乳腺癌、肺癌、宫颈鳞状细胞癌、肾上腺皮质癌。

在一些实例中，所述肺癌选自肺腺癌、肺鳞状细胞癌；所述乳腺癌为乳腺浸润性癌。

本发明的第二个方面，提供：

定量CD8+ T细胞特异性甲基化位点DMPs组甲基化程度的制剂在制备确定肿瘤预后或免疫相关疾病样本中CD8+ T细胞丰度检测试剂中的应用，所述CD8+ T细胞特异性甲基化位点DMPs组如本发明的第一个方面所述。