[发明专利]一种苹果中MdMYB44基因启动子SNP变异位点及其在预测苹果果实酸度中的应用

说明书

本发明涉及生物技术领域，特别涉及一种苹果中MdMYB44基因启动子SNP变异位点及其在预测苹果果实酸度中的应用。所述MdMYB44基因启动子的核苷酸序列如SEQ IN NO：1所示，该基因启动子起始编码子ATG上游启动子区‑536bp位存在一个T/‑SNP变异位点，在‑1010bp位存在一个A/G SNP变异位点。所述变异位点SNPA/G和SNPT/‑的不同组合可应用于苹果果实酸度性状的早期预测筛选和分子辅助育种。本发明在苹果幼苗期就可以用于苹果果实酸度的早期筛选，在杂交育种初期就能筛选后代的酸度表型，从而满足科研、鲜食、果汁加工等的要求。同时，本发明还会提高苹果育种的筛选效率，缩短育种年限。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别涉及一种苹果中MdMYB44基因启动子SNP变异位点及其在预测苹果果实酸度中的应用。

背景技术

苹果(Malus domestica Borkh.)营养丰富，经济价值高，是世界上重要的经济作物之一。苹果酸为苹果果实中的主要有机酸，占总酸含量的90％以上。有机酸参与了果实自身各个代谢过程，是影响果实风味品质和加工品质的重要因素之一，对鲜食品质、果汁加工品质、市场消费等具有重要的影响。因此，加强苹果新品种的选育与示范推广，利用遗传学及分子生物学手段对苹果品质性状进行遗传改良，满足不同地区、不同市场、不同人群对苹果的各种需求，强化苹果产业的全球化发展，是苹果育种未来发展的必然趋势。

但是，苹果因其遗传背景复杂、童期长、自交不亲和等特点严重制约了苹果遗传育种及新品种的选育。因此通过开发与表型性状相关的标记，应用分子标记辅助育种，弥补常规杂交育种的缺陷，有利于定向选择育种，缩短育种年限，为苹果育种的早期选择做铺垫。

发明内容

为解决现有技术存在的不足，本发明提供一种苹果中MdMYB44基因启动子SNP变异位点及其在预测苹果果实酸度中的应用。

本发明的技术方案为：

苹果果肉的主要有机酸是苹果酸，本发明应用MapQTL和BSA-seq方法对苹果果实苹果酸含量进行QTL(数量性状遗传)定位。根据重测序的SNP标记、苹果参考基因组基因功能注释和基因在果实中的表达情况，结合基因功能，最终克隆获得一个与苹果果肉苹果酸含量相关的基因，即前述的转录因子MdMYB44。在该基因起始编码子ATG上游启动子区-536bp位存在一个T/-SNP变异位点(-指T缺失)；在-1010bp位存在一个A/G SNP变异位点。MdMYB44基因启动子序列见SEQIDNO.1。基因型分析表明MdMYB44启动子区变异位点SNP T/-与SNP A/G的不同组合与果实苹果酸含量紧密关联。

具体的：