[发明专利]一种适合毕赤酵母高表达的基因序列优化方法

权利要求书

1.一种适合毕赤酵母高表达的基因序列优化方法，其特征在于：其包括以下步骤：

步骤1：将要表达的蛋白质序列读入后进行预处理；

步骤2：根据密码子先后组合权重，建立密码子转换矩阵；

步骤3：定义图G，其中根据要表达的蛋白质序列含有的氨基酸数量n，图G分为n层，每一层对应序列中的每一个氨基酸，每一层的节点数是该氨基酸所对应的密码子个数，每一层与下一层构成全连接子图，即每一层的节点都有一条边连接到下一层的节点；

步骤4：设计最大权重数组Max Weight[i，j]，其中数组元素下标i，j表示i层通过当前层j节点到图G最后一层的最大权重；

步骤5：从图G的倒数第二层开始向图G的第一层遍历，初始化当前层i层MaxWeight[i,j]为负值，并更新当前层的MaxWeight元素，具体如下：

步骤5.1：取当前层所有的节点以及当前层的下一层的所有节点，计算当前层与下一层的全连接权重组合，即当前层某个编号为j的密码子到下一层某一编号为k的密码子的密码子对偏好性Tran[j，k]作为权重；

步骤5.2：计算下一层最大权重Max Weight的对应节点j的密码子编号J与连接到节点k对应密码子编号K的连接权重Tran[J，K]之和的最大权值，找到当前层的每一个节点j连接到最后一层的最大权值和连接路径，登记到当前层最大权重Max Weight；

步骤6：从图G的第一层向最后一层进行遍历，通过已经计算好的MaxWeight[i，j]，输出具有最大权值的密码子组合，即优化序列，具体如下：

步骤6.1：为图G的每一层构造一个二维数组P，设定第n层的数组为P[n,m]，该层的数组元素数量与该层的节点数量一致；

另外构造一个无意义的头结点P[0,0]，将第1层中最大路径的节点，记录到P[0,0]的下一条列表中，得到从唯一的头结点开始，从第一层到最后一层节点的逐层访问输出;

步骤6.2：采用先序遍历算法，根据二维数组P，实现DAG的根节点到每一个叶子节点的每一条路径的输出。