[发明专利]基于R语言的生存率相关分析技术的宫颈癌新靶标筛选方法和系统在审
申请号: | 202011131091.4 | 申请日: | 2020-10-21 |
公开(公告)号: | CN112259159A | 公开(公告)日: | 2021-01-22 |
发明(设计)人: | 徐晓峰;周怀君;陈娟;刘涛 | 申请(专利权)人: | 南京鼓楼医院 |
主分类号: | G16B15/30 | 分类号: | G16B15/30;G16B20/20;G16B25/10;G16B35/20;G16B40/10;G16B50/00 |
代理公司: | 南京钟山专利代理有限公司 32252 | 代理人: | 王磊 |
地址: | 210008 江*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 语言 生存率 相关 分析 技术 宫颈癌 靶标 筛选 方法 系统 | ||
本发明公开了基于R语言的生存率相关分析技术的宫颈癌新靶标筛选方法和系统,所述方法包括获取宫颈癌患者的肿瘤组织及正常对照组织的转录组基因原始数据;从转录组基因原始数据中筛选出在肿瘤组织与正常对照组织中满足条件的DEG;对筛选出的每个DEG行最优化生存率相关分析,进一步筛选出生存率相关的DEG;对筛选出的生存率相关DEG进行信号通路富集,筛选出富集最明显的信号通路中的DEG作为新靶标DEG;针对筛选出的新靶标DEG,结合患者临床病理资料,进行相关统计学分析,验证其可靠性与可行性。发明利用TCGA等公共数据库网络资源,挖掘宫颈癌相关的新靶标,应用于生物靶向治疗、生物药物研制和致病机理研究。
技术领域
本发明属于医学基因组学及计算机生物信息学技术领域,具体涉及基于R语言的生存率相关分析技术的宫颈癌新靶标筛选方法和系统。
背景技术
宫颈癌是世界上第二大妇科宫颈癌,也是欠发达国家女性癌症相关死亡的最常见原因之一。随着筛查技术的普及和HPV疫苗的应用,宫颈癌的发病率和死亡率有所下降。但自20世纪中叶以来,宫颈癌发病率仅以每年0.3%的年平均百分比小幅下降;宫颈癌相关死亡率也仅以年均0.8%的速度下降。可见宫颈癌对人类健康的威胁依旧相当严峻。
根治性手术和放疗是有效的宫颈癌初始治疗方式。对于初始治疗效果不理想、肿瘤已转移复发或已出现耐药问题的患者,治疗效果远没有达到理想状态。所以,探索宫颈癌诊断和治疗相关的新靶标,实现临床早预防、早诊断及早治疗迫在眉睫。
近年来,包括基因芯片在内的高通量实验技术扩大了我们对癌症发生和基因组背景之间的潜在机制的理解。但实现高通量数据的检测需耗费大量的人力财力,很多研究人员缺乏资金支持,不能负担实验所需的巨额费用。伴随着大数据时代的到来,包括癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)在内的基于芯片技术的高通量大型数据库已陆续对外开放。加上生物信息学技术的发展,使得面临上述困境的科研工作者开展大数据相关筛查研究成为可能。
如何合理利用网络资源,有效地收集、整合、高通量大数据,研究其潜在功能,挖掘宫颈癌相关新靶标,从而提高宫颈癌诊疗水平,延长患者生存时间,是妇科肿瘤医生亟待解决的问题。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是针对上述现有技术的不足,提供基于R语言的生存率相关分析技术的宫颈癌新靶标筛选方法和系统,利用TCGA等公共数据库网络资源,挖掘宫颈癌相关的新靶标,应用于生物靶向治疗、生物药物研制和致病机理研究。
为实现上述技术目的,本发明采取的技术方案为:
基于R语言的生存率相关分析技术的宫颈癌新靶标筛选方法,包括:
步骤1:从公共数据库中下载和整理宫颈癌患者的肿瘤组织及正常对照组织的转录组基因原始数据;
步骤2:基于R语言技术和转录组基因原始数据,从转录组基因原始数据中筛选出在肿瘤组织与正常对照组织中满足条件的差异表达基因(differently expressed genes,DEG);
步骤3:基于R语言技术和患者临床随访数据,对步骤2筛选出的每个DEG行最优化生存率相关分析,进一步筛选出生存率相关的DEG;
步骤4:基于R语言技术,对步骤3筛选出的生存率相关DEG进行信号通路富集,筛选出富集最明显的信号通路中的DEG作为新靶标DEG;
步骤5:针对步骤4筛选出的新靶标DEG,结合患者临床病理资料,进行相关统计学分析,验证其可靠性与可行性。
为优化上述技术方案,采取的具体措施还包括:
上述的步骤2具体包括如下步骤:
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