[发明专利]晋汾白猪全基因组高密度SNP芯片检测试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种晋汾白猪全基因组高密度SNP芯片检测试剂盒及其应用，本发明基于猪基因组(Sscrofa11.1)数据对Illumina SNP 60K芯片进行位点升级，将晋汾白猪特异SNP位点与升级后60K芯片位点整合，去除无效SNP标记，确定位点数为96963个，其中晋汾白猪特异性SNP位点55957个，其余SNP位点的标记探针与猪60K芯片探针一致，55957个晋汾白猪特异性SNP位点中包括76个能够分开晋汾白猪家系的晋汾白猪特异SNP位点。本发明的晋汾白猪全基因组高密度SNP检测试剂盒可用于晋汾白猪品种鉴定和鉴别，进行晋汾白猪聚类分析、亲缘关系分析和种质资源分析，还可用于构建晋汾白猪连锁图谱构建、基因定位分析和分子育种材料选择，将大大提高我国猪选种选育进程。

技术领域

本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及一种晋汾白猪全基因组高密度SNP芯片检测试剂盒及其应用。

背景技术

SNP作为继限制性片段长度多态性及简单序列重复之后的第三代DNA遗传标记，具有分布广泛、数量多、遗传稳定性高、易于快速自动化检测等特点。基于SNP高通量分子标记技术主要包括以测序技术为基础的分子标记技术和以基因芯片为基础的分子标记技术。基于测序技术分子标记技术虽然测序深度大、测序范围广，但短序列片段的测序需要依赖于参考基因组序列，位于重复序列区域或者未匹配到参考基因组上的序列难以检测和分析，由于测序成本的缺点难以在分子育种中推广。

基于基因芯片的分子技术由于具有高效率、高通量、微型化、自动化等特点，被广泛应用于物种进化、基因定位、分子育种等。基因芯片又名生物芯片，这一概念于1991年被首次提出。1996年，美国Stanford大学实验室合成了DNA阵列，推出了世界上第1块商业化基因芯片，掀起了基因芯片的研究热潮。基因芯片的原理是将待测DNA样品的靶序列与固化在基片上的已知核酸探针进行分子杂交，通过产生的杂交图谱来确定样品靶序列的过程。当进行了荧光标记的待测DNA样品与芯片上的核酸探针配对后，DNA芯片会产生可检测的荧光斑点，其配对的碱基越多，则荧光越强。

随着各畜禽商业化芯片的问世，基因组选择也已经被广泛应用到动物育种中去。但商业化芯片的缺点也显露的愈发明显。首先，芯片所含标记数量有限，难以满足所有类型的研究需求；其次，商业化芯片一般是针对知名品种进行设计，与许多地方品种遗传距离较大，造成芯片的部分位点在特定群体中失效。Illumina猪SNP 60K芯片是以杜洛克猪基因组序列为模板，融合了大白猪、长白猪、皮特兰猪及野猪的基因组序列信息进行设计，对这些物种具有较好的检测效果。但与中国地方猪种的基因组结构具有差异，检测效率下降。

目前，猪的商业化芯片主要包括基于Iliiumina平台的geneseek公司开发的PorcineSNP60K(含61565个SNP)、GGP-Porcine HD(68528个SNP)、GGP-Porcine(含51000个SNP)和康普森公司设计的compass porcine SNP55K(含55000个SNP)等。目前，市场上主要使用的仍是geneseek公司开发的基因芯片，但针对我国地方地方猪种和培育猪种的检测会使一些位点失效。为保证我国地方猪种和培育猪种的检测效果，提高分子育种的效率，选取合适的SNP制作高密度芯片成为当务之急，才能不断满足猪规模化育种的需要。

发明内容

本申请的目的在于提供一种晋汾白猪全基因组高密度SNP芯片检测试剂盒，以解决在猪育种选育过程中检测效率低，成本高的问题。

本发明的技术方案为：一种晋汾白猪全基因组SNP芯片，SNP芯片由96963个SNP位点组成，其中晋汾白猪特异性SNP位点55957个，其余SNP位点的标记探针与猪60K芯片探针一致，55957个晋汾白猪特异性SNP位点中包括76个能够分开晋汾白猪家系的晋汾白猪特异SNP位点，该76个晋汾白猪特异性SNP分子标记的探针如SEQ NO.1-SEQ NO.76所示。

本发明还提供了一种晋汾白猪全基因组SNP芯片检测试剂盒，所述检测试剂盒含有上述SNP芯片。