[发明专利]与水稻叶倾角性状相关的分子标记及其应用

说明书

本申请公开了一种分子标记sf0140442498在鉴定水稻叶倾角性状中的应用，其中，所述分子标记sf0140442498的SNP位点位于水稻1号染色体第40442498位碱基处，所述SNP位点位于LC4基因编码序列，所述SNP位点的碱基突变使得相应编码氨基酸由甲硫氨酸(M)变为异亮氨酸(I)，所述SNP位点的碱基由G突变为T。

技术领域

本发明涉及植物育种领域，尤其涉及一种与水稻叶倾角性状相关的分子标记及其应用。

背景技术

禾本科作物中的许多种类，特别是水稻，是重要的粮食作物。水稻等作物的株型是决定其产量的核心因素之一。叶片与主茎之间的夹角称为叶倾角，叶倾角的大小是影响光截获、光合效率和种植密度的最重要的冠层结构参数之一。叶倾角是一种重要的农艺性状，与植物的结构和产量密切相关。叶倾角的调控对于提高作物产量，有效利用有限的土地空间具有重要意义。目前有研究发现LEAF INCLINCATION 4(LC4)基因，编码了F-box蛋白，在调控水稻叶倾角方面具有非常重要的作用。F-box蛋白是一类广泛存在于真核生物中的一类蛋白家族。这类蛋白的共同特征就是在N端含有一个保守的F-box结构域。F-box蛋白是多亚基复合物类E3泛素连接酶SCF复合体的重要组成成分，在由泛素-蛋白酶体途径介导的细胞周期调控，转录调控，细胞凋亡和信号转导等过程中发挥重要的作用。除了N端的F-box结构域外，F-box蛋白的C端通常还存在一些与蛋白相互作用密切相关的二级结构，它们用来介导F-box蛋白与底物蛋白的特异性识别。

在水稻中，生长素能够诱导水稻miR394基因表达，miR394通过切割LC4基因的转录本来抑制水稻叶片的倾斜。进一步的研究表明，LC4可以通过调控近轴薄壁细胞的扩张和延伸来增大叶倾角，当LC4过表达时近轴薄壁细胞的延伸和扩张增大，而当LC4的表达被抑制时，近轴薄壁细胞的延伸和扩张受到抑制，进而影响水稻叶倾角的大小。同时，LC4蛋白是F-box蛋白，作为E3泛素连接酶的一部分，具有E3泛素连接酶亚基的功能。目前发现在调控水稻叶倾角这一过程中LC4蛋白不与AUX/IAA蛋白互作，LC4调控水稻叶倾角的具体机制还不清楚。

单核苷酸多态性(SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的DNA多态性。SNP标记是发生在个体间最普遍的遗传变异形式，通常由单个碱基的转换或颠换引起，或者由碱基的插入或缺失所致。在基因序列内和基因序列外的非编码区均有可能出现SNP。在蛋白编码SNP中，如果不引起所编码氨基酸序列的改变，则称为同义蛋白编码SNP，否则称为非同义蛋白编码SNP，往往影响相应蛋白质的功能。SNP作为一类遗传标记由于其密度高，富有代表性，遗传稳定性以及易实现分析的自动化而在遗传分析中具有广泛的应用。

分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良选育物种的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。本领域的技术人员致力于开发一种可以快速区分不同品种水稻的优良叶倾角性状的分子标记，进而筛选获得与叶倾角密切相关的分子标记辅助育种。

发明内容

有鉴于现有技术的上述缺陷，本发明所要解决的技术问题是

为实现上述目的，本发明提供了分子标记sf0140442498在鉴定水稻叶倾角性状中的应用，其中，所述分子标记sf0140442498的SNP位点位于水稻1号染色体第40442498位碱基处。

在某些实施方式中，所述SNP位点为非同义SNP。

在某些实施方式中，所述SNP位点位于LC4基因编码序列，所述SNP位点的碱基突变使得相应编码氨基酸由甲硫氨酸(M)变为异亮氨酸(I)。

在某些实施方式中，所述SNP位点的碱基由G突变为T。