[发明专利]一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法及装置

权利要求书

1.一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，包括如下步骤：

对由肿瘤组织样本中提取的DNA进行二代测序分析，得到测序结果；

对所述测序结果进行数据过滤，并与参考基因组进行比对，得到比对结果；

根据比对结果确定DNA样本中单个核苷酸和插入缺失变异结果；

对所述变异结果进行假阳性和胚系数据库过滤，得到过滤后的突变结果；

对所述突变结果进行数据过滤，得到体细胞突变结果；

根据所述体细胞突变结果计算TMB值。

2.根据权利要求1所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，所述根据比对结果确定DNA样本中单个苷酸和插入缺失变异结果包括：

根据杂合多肽位点的突变频率和深度信息，得到肿瘤样本纯度、拷贝数和倍体数；

利用所述纯度、拷贝数和倍体数，通过式I、式II预测样本DNA各区域的胚系及细胞突变频率，其中，式I为：

式II为：

其中，C是拷贝数；Ψ是倍体数；p是纯度；Mi是突变型等位DNA片段的拷贝数；σ_ri是CBS得到的片段Si中log值的标准差；σ_fi为片段Si中snp位点的频率。

3.根据权利要求1所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，对所述测序结果进行数据过滤，并与参考基因组进行比对，得到比对结果包括：

利用正常组织样本突变结果构建参考基因组数据库；

将所述测序进行数据过滤，并与所述参考基因组数据库内的突变结果比对，统计出现次数大于或等于5次的突变结果，构建用于过滤假阳性突变的数据库。

4.根据权利要求3所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，对所述变异结果进行假阳性和胚系数据库过滤，得到过滤后的突变结果包括：筛选出突变频率大于或等于5％的突变结果。

5.根据权利要求4所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，对所述变异结果进行假阳性和胚系数据库过滤，得到过滤后的突变结果还包括：

去除在所述突变数据库中出现次数大于5次的突变结果；

去除被判定为生殖系的突变结果；

去除在HLA区域的突变结果。

6.根据权利要求5所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，所述体细胞突变结果包括突变数和探针测序覆盖编码区域的大小，所述TMB值通过如下方式计算得到：TMB＝突变数/探针测序覆盖编码区域的大小。

7.根据权利要求6所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，所述分析结果包括突变位置、突变频率、突变类型、突变所在链信息中的至少一种。

8.一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测装置，其特征在于，包括：

测序分析模块，对由肿瘤组织样本中提取的DNA进行二代测序分析，得到测序结果；

过滤比对模块，对所述测序结果进行数据过滤，并与参考基因组进行比对，得到比对结果；

变异结果确定模块，用于根据比对结果确定DNA样本中单个核苷酸和插入缺失变异结果；

变异结果过滤模块，用于对所述变异结果进行假阳性和胚系数据库过滤，得到过滤后的突变结果；

突变结果过滤模块，用于对突变结果进行数据过滤，得到体细胞突变结果；

计算模块，用于根据所述判定信息结果计算TMB值。

9.一种终端，其特征在于，包括：存储装置及一个或多个处理器，所述存储装置用于存储一个或多个程序，其中，当一个或多个所述程序被一个或多个处理器执行时，使得一个或多个所述处理器执行如权利要求1-7任一项所述的方法。

10.一种计算机可读存储介质，其特征在于，所述计算机可读存储介质上存储有可执行指令，所述可执行指令被执行时执行如权利要求1-7任一项所述的方法。