[发明专利]与甘蓝型油菜矮杆紧凑性状共分离的SNP标记及应用

说明书

本发明公开了与甘蓝型油菜矮杆紧凑性状共分离的SNP标记，所述SNP标记位于基因BnaA04T0200700ZS编码区，对应于甘蓝型油菜参考基因组ZS11（2020年公布）的A04染色体的19965380 bp位置，该碱基的多态位点为C或T。本发明还公开了用于检测所述SNP标记的基于五引物扩增受阻突变体系技术的引物以及基于常规PCR技术的引物。利用本发明提供的SNP标记及引物，能够精准高效的预测油菜株高和株型，为实现油菜株高及株型性状的早期鉴定或筛选提供了科学方法，加速油菜株型育种的进程。

技术领域

本发明属于生物技术及植物分子育种领域。具体而言，本发明涉及与甘蓝型油菜矮杆紧凑性状共分离的SNP标记及应用。

背景技术

油菜是我国第一大油料作物，常年种植面积约1.1亿亩，菜籽油占国产食用植物油的55％以上。目前我国食用植物油自给率35％左右，对国际市场依存度高，发展油菜生产对维护国家食用油供给安全具有重要的战略意义。株型对作物育种潜力起关键作用，研究表明矮杆、株型紧凑的油菜更有利于提高群体的光合效率和耐肥性，有利于油菜中下部的通风，减少病虫害，抗倒伏，增加收获指数，并有利于油菜机械化生产。矮杆、抗倒、株型紧凑型品种是目前国内外油菜遗传改良的发展趋势。

株高是株型的主要构成性状，合适的株高能提高作物的抗倒伏能力，是作物获得高产、稳产的必要前提。20世纪60年代以来小麦、水稻的“绿色革命”是作物育种最伟大的成果之一，培育的矮杆品种在世界各地广泛种植，使产量增加了近一倍，这场革命成功的基础是矮杆资源的充分利用。目前，在油菜中也发现了一些矮杆资源，例如Ds-1(17cm)、Ds-2(19cm)、Ds-3(69.7cm)、矮源1号(24cm)、棒状油菜ED1(100cm)、ED1(23cm)、GRC1157(80cm)、DW871(139.1cm)、99CDAM(85cm)、NDF-1(70cm)、Apl03(130cm)、9804(110cm)、Bndwf1(80cm)、Bndwf1/dcl1(50cm)等。但是与水稻、小麦等作物相比，发现并鉴定的油菜矮杆种质不多，成功用于矮化育种的还很少，我国油菜的矮化育种尚未取得显著进展。

传统育种是一个耗时耗力的过程，且依赖育种家的经验。与传统育种技术相比，分子标记技术能够不受环境因素影响且能快速、准确跟踪目标基因。将分子标记技术与传统育种技术相结合，可在早期对植株进行基因型的鉴定，显著的提高育种效率，缩短育种周期。SNP(single nucleotide polymorphism)是指基因组DNA序列上单个碱基的变异所引起的DNA序列多态性，具有分布广泛均匀，遗传稳定性高，通量高，检测快，易于自动化和标准化操作等优点，是目前最有潜力的一种标记。当前有20多种SNP基因分型方法，包括酶切扩增多态性序列法(CAPS)、等位基因特异性PCR(AS-PCR)、单链构象多态性(SSCP)、基因芯片技术、竞争性等位基因特异性PCR(KASP)、测序法等。五引物扩增受阻突变体系(PARMS)的荧光分子标记技术具有高通量、准确、省时、便捷、低成本的特点，是最近几年发展起来的快速基因分型技术。

发明内容

发明目的：本发明前期研究中利用EMS诱变技术，在常规油菜品种宁油18号(NY18，株高190cm)诱变后代中，获得了遗传稳定的矮杆紧凑突变体DF110(株高67.6cm)，具有矮杆、抗倒、株型紧凑等优点。将DF110与5个优质高产油菜品种进行杂交，组配的杂交种兼具株高适中、株型紧凑、高产抗倒等特点，符合油菜“理想株型”要求的标准。对杂交种测产结果表明，亩产266.6-339.6公斤，比优亲增产31.2-41.3％，比大面积推广的杂交油菜品种增产15％以上。因此，DF110是油菜株型育种的优异种质资源。本发明所要解决的技术问题是提供了与甘蓝型油菜矮杆紧凑性状共分离的SNP标记。DF110具备有与矮杆紧凑性状共分离的SNP标记，在油菜株型育种中具有重要的应用前景。

本发明还要解决的技术问题是提供了用于检测所述的SNP标记的引物。

本发明还要解决的技术问题是提供了一种用于检测所述的SNP标记的试剂盒。