[发明专利]与陆地棉枯萎病抗病相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了与陆地棉枯萎病抗病相关的SNP分子标记及其应用。本发明首先公开了检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定待测棉花对枯萎病抗性中的应用；所述SNP标记为位于棉花基因组D03号染色体第2259240位核苷酸，其核苷酸种类为A和C。本发明进一步公开了鉴定或辅助鉴定待测棉花对枯萎病抗性的方法。本发明所提供的SNP标记可用于棉花枯萎病抗病性的早期预测，还可以用于棉花遗传背景分析和筛选，以及棉花抗枯萎病分子标记辅助选择育种，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明涉及植物育种领域，具体的说，涉及与陆地棉枯萎病抗病相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

棉花是中国传统的耕种作物，也是重要的经济作物，棉花纤维能制成各种规格的织物，适用于制作各类服装、布料。但是在棉花种植中，枯萎病是一种常见病害。病原菌为一种土传性的真菌，名尖孢镰刀菌(萎蔫专化型)，主要危害棉花的维管束等部位，导致叶片枯死或脱落。棉花抗枯萎病的分子机制仍然不清楚，有关棉花枯萎病基因的克隆及功能研究进展缓慢。因此，增强棉花对枯萎病的抵抗能力，增加棉花产量是棉花生产当中亟待解决的问题。

随着测序技术的发展和棉花基因组测序的完成，通过全基因组关联分析结合表型获得与陆地棉抗枯萎病抗病相关的SNP位点，可以为分子标记辅助选择及分子育种改良棉花抗病性提供重要的参考依据。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为如何早期检测棉花对枯萎病抗性。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定待测棉花对枯萎病抗性中的应用；

所述SNP标记为位于棉花基因组D03号染色体第2259240位核苷酸，其核苷酸种类为A和C。

上述检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质在棉花育种中的应用也在本发明的保护范围之内。

上述应用中，所述棉花育种为培育对枯萎病具有抗性的棉花。

上述应用中，所述SNP标记对应于GhGLR3.3基因第448位，即SEQ ID NO.1第448位核苷酸，其核苷酸种类为A或C。

上述应用中，所述检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型具体可为检测棉花基因组中SNP标记的核苷酸种类。所述SNP标记的基因型是CC(简称为CC基因型)或AA(简称为AA基因型)。其中，所述CC基因型是棉花基因组中SNP标记为C的纯合型，AA基因型是棉花基因组中SNP标记为A的纯合型。

上述应用中，所述检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质如下A1)或A2)或A3)：

A1)用于扩增含有所述SNP标记的DNA片段的成套引物；

A2)含有A1)的PCR试剂；

A3)含有A1)或A2)的试剂盒。

上述应用中，所述成套引物由SEQ ID NO.2所示的单链DNA分子和SEQ ID NO.3所示的单链DNA分子组成。

为解决上述技术问题，本发明进一步还提供了一种产品。

本发明所提供的产品为上述检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质；

所述产品具有如下至少一种功能：

1)鉴定或辅助鉴定待测棉花对枯萎病抗性；

2)对枯萎病具有抗性的棉花的育种；

3)选育对枯萎病具有抗性的棉花。

为解决上述技术问题，本发明进一步还提供了鉴定或辅助鉴定待测棉花对枯萎病抗性的方法。