[发明专利]一种检测眼点丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法

说明书

本发明提供了一种检测眼点丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法，属于物种分布检测技术领域，所述引物组，包括上游引物、下游引物和荧光探针；所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，所述荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。所述方法包括以下步骤：1)从待检测环境中采集环境eDNA样本，2)提取所述环境eDNA样本中的DNA获得DNA样本液；3)以所述DNA样本液为模板，用所述引物组进行qPCR扩增，并测定Ct值，根据Ct值判定结果。所述方法能够在不损伤环境和土著鱼类种群前提下，采取环境DNA技术对眼点丽鱼种群进行快速高效检测。

技术领域

本发明属于物种分布检测技术领域，尤其涉及一种检测眼点丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法。

背景技术

眼点丽鱼(Cichla ocellaris BlochSchneider，1801)是慈鲷目(Cichliformes)、丽鱼科(Cichlidae)、丽鱼属(Cichla)鱼类。其主要特征为：体型属于侧扁且修长，眼淡红，在体侧部分可明显见到三条深色的垂直条纹，在雄性的后颈上会有突出的隆起，尾鳍的前端有明显的黑色“眼斑”，此物种的鳞片相当细小，且数目相当的多，眼睛与口的比例都相当大，嘴裂可延伸眼的前缘。对环境适应力很强，在低溶氧与污浊的水域中均能生长。杂食性，主要以小鱼与大型无脊椎动物为食。原分布于南美洲苏里南、圭亚那及法属圭亚那埃塞奎博河、Marowijne河流域。体长可达74公分，栖息在岩石底质的深水域，成群活动，可作为食用鱼、观赏鱼及养殖鱼。但是，由于养殖逃逸、人为放生等原因，眼点丽鱼作为外来种侵入中国海南省、台湾省等热带淡水生态系统，对土著鱼类造成了一定危害。

及时掌握眼点丽鱼种群的分布格局和种群大小，是土著鱼类资源保护和生物多样性研究的重要内容。眼点丽鱼种群分布的传统监测，主要采用现场调查法进行，如以网具进行渔获采集。具有耗时费力、成本高、捕获率低、可能会伤害到目标物种或者破坏调查点的生态系统的缺点。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种检测眼点丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法；所述方法能够在不损伤环境和土著鱼类种群前提下，采取环境DNA技术对眼点丽鱼种群进行快速高效检测。

为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：

本发明提供了一种检测眼点丽鱼种群的引物组，包括上游引物、下游引物和荧光探针；所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述下游引物的核苷酸序列如SEQID No.2所示，所述荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。

本发明提供了一种检测眼点丽鱼种群的试剂盒，包括所述的引物组、DNA提取试剂和qPCR扩增试剂。

本发明提供了一种检测眼点丽鱼种群的方法，包括以下步骤：

1)从待检测环境中采集环境eDNA样本，

2)提取所述环境eDNA样本中的DNA获得DNA样本液；

3)以所述DNA样本液为模板，用所述的引物组进行qPCR扩增，并测定Ct值，当所述Ct值小于或等于36时判定结果为阳性，即待检测环境中存在眼点丽鱼种群，当Ct值大于36时判定结果为阴性，即环境中不存在眼点丽鱼种群。

优选的，环境eDNA样本为水样或底泥样本。

优选的，当所述环境eDNA样本为水样时，对水样进行滤膜抽滤，将抽滤后的滤膜置于酒精中浸泡后，提取DNA。

优选的，当所述环境eDNA样本为底泥样本时，将所述底泥样本与液氮混合研磨后，提取DNA。