[发明专利]一种检测图丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法

说明书

本发明提供了一种检测图丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法，属于物种分布检测技术领域，所述引物组，包括上游引物、下游引物和荧光探针；所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，所述荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。所述方法包括以下步骤：1)从待检测环境中采集环境eDNA样本，2)提取所述环境eDNA样本中的DNA获得DNA样本液；3)以所述DNA样本液为模板，用所述引物组进行qPCR扩增，并测定Ct值，根据Ct值判定结果。所述方法能够在不损伤环境和土著鱼类种群前提下，采取环境DNA技术对图丽鱼种群进行快速高效检测。

技术领域

本发明属于物种分布检测技术领域，尤其涉及一种检测图丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法。

背景技术

图丽鱼Astronotus ocellatus(Agassiz,1831)是慈鲷目(Cichliformes)、丽鱼科(Cichlidae)、图丽鱼属(Astronotus)鱼类。最大体长可达33厘米，最大体重约1.1千克。鱼体呈椭圆形，侧扁，头大，嘴大。不仅在其颚部拥有牙齿，而且还具有一组咽齿。颚中的牙齿很小，可用来抓握，而喉咙中的牙齿(咽齿)则用来操纵和处理猎物。体色基调为乌黑或黑褐色，体侧散布着不规则的橙红色斑块，间镶红色条纹，呈地图状而又得名“地图鱼”。尾鳍基部上方有圆形黑斑，其外围有橙红色环，游动时闪闪发光，似夏夜星星而亦得名“尾星鱼”。成鱼尾柄部的大黑斑点形状如眼睛，可作为保护色及诱敌色，使其他鱼分不清前后而容易成为图丽鱼口中餐。图丽鱼对水质要求不严，在弱酸性、中性和微碱性水中都能正常生活。中下层肉食性鱼类。虽然体态粗笨、行动迟缓，但捕食反应敏捷、准确。主食小鱼、小虾、丝蚯蚓等。原产地为南美洲的圭亚那境内、委内瑞拉、秘鲁、巴西的亚马孙河流域。20世纪70年代引入我国，尤其是作为一种高档的热带观赏鱼类，倍受人们的喜爱和青睐。但是，由于人为放生等原因，图丽鱼作为外来种侵入海南等淡水生态系统，对土著鱼类造成了一定危害。

及时掌握图丽鱼种群的分布格局和种群大小，是土著鱼类资源保护和生物多样性研究的重要内容。图丽鱼种群分布的传统监测，主要采用现场调查法进行，如以网具进行渔获采集，具有耗时费力、成本高、捕获率低、可能会伤害到目标物种或者破坏调查点的生态系统的缺点。环境DNA(environmental DNA，eDNA)分析是一种将DNA分析技术与传统方法相结合的生物学研究的新工具。这一方法最早出现于上世纪80年代。之后20年间，随着样品采样、DNA提取、分析和测序等关键技术的突破，eDNA分析发展成为完整的物种分布检测技术手段。其应用从微生物分析扩展到高等水生或半水生物种鉴定、居群乃至生物群落的多样性分析。荧光定量PCR(Quantitative PCR，qPCR)特异性高，能够对DNA进行量化分析，近年来逐渐替代普通PCR，成为eDNA分析的重要手段。

目前，关于图丽鱼种间特异性扩增引物和荧光探针的相关研究还未见报道。建立起图丽鱼的qPCR分析，实现图丽鱼的简单、快速、准确、客观的分子鉴定是目前开展图丽鱼eDNA监测急需解决的问题。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种检测图丽鱼种群的引物组、试剂盒和方法；所述方法能够在不损伤环境和土著鱼类种群前提下，采取环境DNA技术对图丽鱼种群进行快速高效检测。

为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：

本发明提供了一种检测图丽鱼种群的引物组，包括上游引物、下游引物和荧光探针；所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNo.2所示，所述荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。

本发明提供了一种检测图丽鱼种群的试剂盒，包括所述的引物组、DNA提取试剂和qPCR扩增试剂。

本发明提供了一种检测图丽鱼种群的方法，包括以下步骤：

1)从待检测环境中采集环境eDNA样本，